Для компиляции приложений на базе GUI пакета fltk компилятору необходимо добавить следующие флаги:
-DUNICODE -DWIN32 -mms-bitfields
Путь к инклюдам FL/ компилятору не указывать. Путь следует прописывать с исходниках #include <FL/...>
Линкеру дополнительно указать пачку параметров: -municode -mwindows -static -lfltk -lole32 -luuid -lcomctl32 -lwsock32 -lm -lgdi32 -luser32 -lkernel32
Начало программы будет в wmain с двухбайтовым юникодом в параметрах вызова wchar_t* args.