Juke34

How to sort a tuple

similar to the NF docu example for values

Channel
    .from( 1, 2, 3, 4, 5 )
    .filter { it % 2 == 1 }
    .view()

but addressing the tuple elements as required

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Sublime Text 3 – Tous les raccourcis (WINDOWS)

Préambule

J’ai créé un fork de cette fiche pour permettre un accès à tous, en français et sans fautes de tous les raccourcis par défaut sur Sublime Text 3. Les raccourcis présents sont les raccourcis par défaut. Si vous ajoutez des snippets, ou des plugins, je ne peut garantir la pérénité de ces derniers. Mémoriser tous les raccourcis en un seul bloc est inutile. C’est pourquoi j’ai regroupé les raccourcis en plusieurs catégories :

• Par ordre alphabétique
• Par fonctionnalités
• Par combinaison de touche

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# --- OSX -----

# When following error:
# ld: unknown option: -platform_version
# clang-10: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

Here the way to fix it 
info=$( ld -v 2>&1 > /dev/null )
platform=$([[ $info =~ ld64-([0-9]*) ]] && echo ${BASH_REMATCH[1]})
add at the end of the compiltaton command: -mlinker-version=$platform 

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# sort reads by read names 
samtools sort -n inputfile > output

# convert sam to bam
samtools view -bS file.sam > file.bam

# convert bam to sam
samtools view -h -o out.sam in.bam

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#here order of the different step in the falcon pipeline (snakemake)
name-mapping/
placement-split/
placement-chunks/
placement-run/
placement-gathered/
placement-output/
minced_bed/
minced_fasta/
index-pair/

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# To save the current env 
conda env export > environment.yaml  

#conda configuration 
conda config --show channels # to view your configuration's current state,
conda config --show-sources # to view config file locations.

 # To test locally a new/modified package: 
 conda create -n bioconda bioconda-utils 
 conda activate bioconda

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#filter out fasta sequence by pattern in header
awk '/^>/ {P=index($0,"STRING")==0} {if(P) print} ' in.fasta > out.fasta

#keeping fasta sequence based on pattern in header
 awk '/^>/ {ok=index($0,"Escherichia coli");} {if(ok) print;}' in.fasta
 
# removing empty records (e.g. seq1 here)
#>seq1
#
#>seq2