Me quedé pensando en lo que te decía de los límites de los FS, y quise ver si ext4 (el FS que usa la VM que les damos) tenía algún límite de entradas de directorios.
Armé un script de Bash bastante simple:
#!/bin/bash
COUNTER=0
while [ $? -eq 0 ]; do
let COUNTER=COUNTER+1
mkdir "dir${COUNTER}"