En caso de que quieras alojar proyectos "individuales" dentro de un gran repositorio, lo ideal es utilizar submódulos para manejarlos de manera independiente. Esto va a permitir actualizar cada repositorio de manera independiente el uno del otro, mientras que el "general" se actualizará con los cambios de todos sus repositorios alojados como submódulos.
1.- Alojar el proyecto como uno independiente (Aunque se encuentre dentro de otro ya alojado)
git add Nest/project-heroes
2.- Realizar el commit de los cambios