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library(data.table)
library(ggplot2)
library(magrittr)
library(pbapply)

large <- fread("ERR260132_genes.csv")

#' Sample a rarefied version of a count vector.
#'
#' @param x A named vector of counts.

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Instalación de Docker

Lo primero que tienes que saber sobre la instalación de docker es que para Mac y windows hay dos versiones de docker:

1. una versión legacy que usa maquinas virtuales (VM) para correr docker adentro de una maquina virtual.
2. una versión nativa que usa una capa de compatibilidad (HyperKit + Hypervisor en Mac y Hyper-V en Windows) para correr docker directamente con el kernel nativo

La versión nativa (opción 2) tiene menos overhead y corre más rapido pero pone mas restricciones a su OS. Por el momento yo recomiendo que usan esta versión en Mac y Linux y la version legacy (opcion 1) en Windows.

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Como instalar Python y Jupyter

Para las siguientes clases vamos a usar Python como nuestro lenguaje de programación preferido. En particular, vamos a usar la versión 3 de Python y las libretas de Jupyter. Para ya tener una instalación funcional en la clase, aquí hay unas pistas para la instalación. Para la instalación en Windows y Mac vamos a usar la versión de Anaconda mientras que para Linux usamos la versión nativa de Python.

Para Windows

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#!/usr/bin/env python3

"""Set up Qiime 2 on Google colab.

Do not use this on o local machine, especially not as an admin!
"""

import os
import sys
import shutil

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