George Carvalho geocarvalho

session management

tmux ls (or tmux list-sessions)
tmux new -s session-name
Ctrl-b d Detach from session
tmux attach -t [session name] or tmux a -t [session name]
tmux kill-session -t session-name

Ctrl-b c Create new window
Ctrl-b d Detach current client

Comandos Vim

insert texto

i, I  # inserir, inserir no começo da linha
a, A  # inserir na linha seguinte, inserir no final
o, O  # inserir abaixo, inserir acima
S  # remove linha e inseri

sair de qualquer modo com esc

Descomplicando Docker 2016

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O que é Docker

Docker é uma plataforma Open Source escrito em Go, que é uma linguagem de programação de alto desempenho desenvolvida dentro do Google, que facilita a criação e administração de ambientes isolados.

Learn Git Branching

Introdução aos commits no Git

Um commit em um repositório git registra uma fotografia (snapshot) de todos os arquivos no seu diretório. É como um grande copy&paste, mas ainda melhor!
O Git tem por objetivo manter os commits tão leves quanto possível, de forma que ele não copia cegamente o diretório completo toda vez que você commita. Ele pode (quando possível) comprimir um commit como um conjunto de mudanças (ou um "delta") entre uma versão do seu repositório e a seguinte.
O Git também mantém um histórico de quando ocorreu cada commit. É por isso que a maioria dos commits tem ancestrais acima de si -- que indicamos usando setas na nossa visualização. Manter a história é ótimo para todos que trabalham no projeto!
Há muito para aprender, mas por enquanto pense nos commits como snapshots do seu projeto. Os commits são muito leves, e mudar de um para outro é extremamente rápido!
Vejamos o que isso significa na prática. Abaixo, temos uma vis

Exomedepth:

$ awk -F"__" '$1=$1' OFS="\t" PAHC44_1_CDHS-17427Z-2274_sorted.bed | cut -f1,2,3,4 > qiaseq_PAHC44_1_CDHS-17427Z-2274_no_header.bed

DeviCNV:

$ echo -e "Amplicon_ID\tChr\tAmplicon_Start\tAmplicon_End\tInsert_Start\tInsert_End\tGene\tTranscript\tExon\tPool" > qiaseq_PAHC44_1_CDHS-17427Z-2274_no_header.devicnv.bed $ awk -F"__" '$1=$1' OFS="\t" PAHC44_1_CDHS-17427Z-2274_sorted.bed | awk '{ print $4"."$7"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$4"\t"$7"\t"Pool1}' >> qiaseq_PAHC44_1_CDHS-17427Z-2274_no_header.devicnv.bed

	import pandas as pd
	import numpy as np
	import os
	import sys

	bed_file = sys.argv[1]
	name = bed_file.split('.')[0]

	#import bed into dataframe
	header = ['Chr', 'Start', 'End', 'Gene']

	import os
	import sys
	import pandas as pd

	#Get the worklist as a parameter
	worklist_bioinfo = sys.argv[1]

	#Create DataFrame from worklist
	header = ['pool', 'analysis_type', 'exame', 'control', 'gender']
	worklist_df = pd.read_csv(worklist_bioinfo, header=None, names=header)

	from Bio.Seq import Seq
	import pandas as pd
	import csv
	import sys
	import os

	def reverse_complement(sequence):
	"""
	Give me the sequence and I give you the reverse-complement of it
	"""

	#/usr/bin/env python3

	'''
	Using exomedepth result and a bed file, organize a txt file with the exons in
	the CNV region
	usage:
	python cnv_regions.py <path/to/exome_depth_output.txt> <path/to/bed_file.bed> <padding>
	'''

	__author__ = 'George Carvalho'


	#!/usr/bin/python3
	from pyliftover import LiftOver
	import pandas as pd
	import argparse
	import mapply
	import sys
	import os

	mapply.init(