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Descomplicando Docker 2016

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O que é Docker? | Mundo Docker

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O que é Docker

• Docker é uma plataforma Open Source escrito em Go, que é uma linguagem de programação de alto desempenho desenvolvida dentro do Google, que facilita a criação e administração de ambientes isolados.

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#/usr/bin/env python3

'''
Using exomedepth result and a bed file, organize a txt file with the exons in
the CNV region
usage: 
python cnv_regions.py <path/to/exome_depth_output.txt> <path/to/bed_file.bed> <padding>
''' 

__author__ = 'George Carvalho'

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Comandos Vim

• insert texto

i, I  # inserir, inserir no começo da linha
a, A  # inserir na linha seguinte, inserir no final
o, O  # inserir abaixo, inserir acima
S  # remove linha e inseri

• sair de qualquer modo com esc

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session management

tmux ls (or tmux list-sessions)
tmux new -s session-name
Ctrl-b d Detach from session
tmux attach -t [session name] or tmux a -t [session name]
tmux kill-session -t session-name

Ctrl-b c Create new window
Ctrl-b d Detach current client

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from Bio.Seq import Seq
import pandas as pd
import csv
import sys
import os

def reverse_complement(sequence):
    """
    Give me the sequence and I give you the reverse-complement of it
    """

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import os
import sys
import pandas as pd

#Get the worklist as a parameter
worklist_bioinfo = sys.argv[1]

#Create DataFrame from worklist
header = ['pool', 'analysis_type', 'exame', 'control', 'gender']
worklist_df = pd.read_csv(worklist_bioinfo, header=None, names=header)

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import pandas as pd
import numpy as np
import os
import sys

bed_file = sys.argv[1]
name = bed_file.split('.')[0]

#import bed into dataframe
header = ['Chr', 'Start', 'End', 'Gene']