jmcastagnetto

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title: "Testing rOpenSci katex"
author: "Jesus M. Castagnetto"
date: "2021-07-12"
output: 
  html_document:
    mathjax: null
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```{r setup, include=FALSE}

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/* this is just a fragment to change the color of the "rainbow" color parentheses */
/* the colors below come from the Okabe-Ito palette */                                                
.ace_paren_color_0 {                                                            
    color: #000000 !important; /* black */                                         
    font-weight: bold;                                                             
}                                                                               
.ace_paren_color_1 {                                                            
    color: #e69f00 !important; /* orange */                                     
    font-weight: bold;                                                          
}                                                                               

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# Generado usando daff
--- a/datos/vacunas_covid_resumen.csv
+++ b/datos/vacunas_covid_resumen.csv
@@,fecha_corte,fecha_vacunacion,fabricante,dosis,n_reg
,2021-08-03,2021-02-08,PFIZER,1,1
->,2021-08-03,2021-02-09,SINOPHARM,1,1946->3845
->,2021-08-03,2021-02-10,SINOPHARM,1,7551->16583
,2021-08-03,2021-02-11,PFIZER,1,2
->,2021-08-03,2021-02-11,SINOPHARM,1,16792->34108
,2021-08-03,2021-02-12,ASTRAZENECA,1,1

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Datatón 2021 del MINSA

Esta información trata de diagramar un esquema aproximado de (casi) todos los datos que se han liberado hasta la fecha para la Datatón 2021 del MINSA.

Me he basado en las estructuras de los datos, en particular los datos de tb_persona y un campo id_persona, que es referido en varios de los CSVs que han sido puestos como datos abiertos.

También he puesto varios FK entre tablas, en base a los nombres. No he revisado que todos los FK funcionen con todos los datos que se han liberado, pero al menos, funciona el tener tb_sinadef.id_persona -> tb_persona.id_persona (por ejemplo).

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Usando los datos del "Dataset de Pruebas Moleculares del Instituto Nacional de Salud - INS" al 2021-08-20, y combinando la información con datos de https://cov-lineages.org/lineage_list.html, a continuación se tiene la información extendida de los linajes de SARS-COV-2 en Perú, hasta la fecha.

El campo de frequency tiene el número de registros que mencionan un linaje en particular, y el de result tiene el valor consignado originalmente en el dataset del INS mencionado arriba.

Estructura de datos

name	width	type
lineage	12	str
frequency	11	int

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    // compatible with VSCode version 1.60.1 (or later)
    "workbench.colorTheme": "Default Light+",
    "editor.bracketPairColorization.enabled": true,
    "workbench.colorCustomizations": {
        // Okabe-Ito colors (colorblind-friendly)
        "editorBracketHighlight.foreground1": "#000000", // black
        "editorBracketHighlight.foreground2": "#e69f00", // orange
        "editorBracketHighlight.foreground3": "#56b4e9", // sky blue
        "editorBracketHighlight.foreground4": "#009e73", // bluish green
        "editorBracketHighlight.foreground5": "#0072b2", // blue

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# Inspirado en https://twitter.com/plenque/status/1475934854269259803

library(tidyverse)
library(lubridate)

pos_url <- "https://github.com/jmcastagnetto/covid-19-peru-limpiar-datos-minsa/raw/main/datos/positivos_covid_aumentado.rds"
pos <- rio::import(pos_url)

pos_semana <- pos %>%
  mutate(

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# Ref: https://bydata.github.io/nyt-corona-spiral-chart/
# https://github.com/bydata/nyt-corona-spiral-chart/blob/main/spiral-chart.R

library(tidyverse)
library(lubridate)
library(ggtext)
library(patchwork)

owid_url <- "https://github.com/owid/covid-19-data/blob/master/public/data/owid-covid-data.csv?raw=true"
country <- "Peru"

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library(tidyverse)
library(arrow)

# RDS de https://github.com/jmcastagnetto/covid-19-peru-limpiar-datos-minsa
positivos <- readRDS("tmp/positivos_covid_aumentado.rds") %>%
  select(id_persona, fecha_resultado, metododx) %>%
  distinct() %>%
  mutate(
    id_persona = as.integer(id_persona)
  )