jmcastagnetto

# Ref: https://bydata.github.io/nyt-corona-spiral-chart/
# https://github.com/bydata/nyt-corona-spiral-chart/blob/main/spiral-chart.R

library(tidyverse)
library(lubridate)
library(ggtext)
library(patchwork)

owid_url <- "https://github.com/owid/covid-19-data/blob/master/public/data/owid-covid-data.csv?raw=true"
country <- "Peru"

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# Inspirado en https://twitter.com/plenque/status/1475934854269259803

library(tidyverse)
library(lubridate)

pos_url <- "https://github.com/jmcastagnetto/covid-19-peru-limpiar-datos-minsa/raw/main/datos/positivos_covid_aumentado.rds"
pos <- rio::import(pos_url)

pos_semana <- pos %>%
  mutate(

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    // compatible with VSCode version 1.60.1 (or later)
    "workbench.colorTheme": "Default Light+",
    "editor.bracketPairColorization.enabled": true,
    "workbench.colorCustomizations": {
        // Okabe-Ito colors (colorblind-friendly)
        "editorBracketHighlight.foreground1": "#000000", // black
        "editorBracketHighlight.foreground2": "#e69f00", // orange
        "editorBracketHighlight.foreground3": "#56b4e9", // sky blue
        "editorBracketHighlight.foreground4": "#009e73", // bluish green
        "editorBracketHighlight.foreground5": "#0072b2", // blue

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Usando los datos del "Dataset de Pruebas Moleculares del Instituto Nacional de Salud - INS" al 2021-08-20, y combinando la información con datos de https://cov-lineages.org/lineage_list.html, a continuación se tiene la información extendida de los linajes de SARS-COV-2 en Perú, hasta la fecha.

El campo de frequency tiene el número de registros que mencionan un linaje en particular, y el de result tiene el valor consignado originalmente en el dataset del INS mencionado arriba.

Estructura de datos

name	width	type
lineage	12	str
frequency	11	int

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Datatón 2021 del MINSA

Esta información trata de diagramar un esquema aproximado de (casi) todos los datos que se han liberado hasta la fecha para la Datatón 2021 del MINSA.

Me he basado en las estructuras de los datos, en particular los datos de tb_persona y un campo id_persona, que es referido en varios de los CSVs que han sido puestos como datos abiertos.

También he puesto varios FK entre tablas, en base a los nombres. No he revisado que todos los FK funcionen con todos los datos que se han liberado, pero al menos, funciona el tener tb_sinadef.id_persona -> tb_persona.id_persona (por ejemplo).

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# Generado usando daff
--- a/datos/vacunas_covid_resumen.csv
+++ b/datos/vacunas_covid_resumen.csv
@@,fecha_corte,fecha_vacunacion,fabricante,dosis,n_reg
,2021-08-03,2021-02-08,PFIZER,1,1
->,2021-08-03,2021-02-09,SINOPHARM,1,1946->3845
->,2021-08-03,2021-02-10,SINOPHARM,1,7551->16583
,2021-08-03,2021-02-11,PFIZER,1,2
->,2021-08-03,2021-02-11,SINOPHARM,1,16792->34108
,2021-08-03,2021-02-12,ASTRAZENECA,1,1

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/* this is just a fragment to change the color of the "rainbow" color parentheses */
/* the colors below come from the Okabe-Ito palette */                                                
.ace_paren_color_0 {                                                            
    color: #000000 !important; /* black */                                         
    font-weight: bold;                                                             
}                                                                               
.ace_paren_color_1 {                                                            
    color: #e69f00 !important; /* orange */                                     
    font-weight: bold;                                                          
}                                                                               

jmcastagnetto

---
title: "Testing rOpenSci katex"
author: "Jesus M. Castagnetto"
date: "2021-07-12"
output: 
  html_document:
    mathjax: null
---

```{r setup, include=FALSE}

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id,name,description,country,profession,topics,img,url
1549,Pedro Chávez Zavala,"Médico militar egresado de la Escuela Médico Militar en 1988. Ostenta el grado de coronel. Egresado del Colegio Nacional de Acupuntura en 1993. Tiene un diplomado en Medicina Cuántica. Es presidente de la Coalición Mundial Salud y Vida (COMUSAV) Agrupación México, la cual promueve el uso del dióxido de cloro, así como terapias “bioenergéticas”.",México,Médico,"Falsas terapias covid-19,Propagación del virus",https://saludconlupa.com/media/images/Pedro-Chavez.2e16d0ba.fill-400x400.jpg,https://saludconlupa.com/series/desinformantes/pedro-chavez-zavala/
1571,Atilio Fariña del Río,"Presidente del Consorcio Paraguayo de Médicos Católicos y de la Federación de Asociaciones por la Vida y la Familia. En el 2005, participó en representación de la Conferencia Episcopal Paraguaya en un congreso organizado por el Consejo Pontificio para la Pastoral de la Salud, que reunió a científicos, filósofos y teólogos en el Vaticano.",Paraguay,Médico gin