Keiichiro Ono keiono

date: '2012-02-17 20:35:55' title: 'Cytoscape_3/UserManual' ...

Cytoscape 3.2.0 User Manual

The Cytoscape User Manual copyright is owned by The Cytoscape Consortium, and is made available under the same GPL license as

BioinformaticsとOSS

「なぜバイオインフォ分野はこんなにOSS文化が浸透しているのでしょうか？」

これはいくつか理由があると思います。まず五十嵐さんの指摘された点は概ね正しいです。

「研究者の役割として公開があるから」

ソフトウェア自体をオープンにするかどうかはグラントによります。すべての成果をOSSとして公開することを義務付けているmものもありますが、逆に公開には研究機関との交渉が必要なところもあります。ライセンスに関しても自由に選べるところと、制限つきのものがあります。
しかしプロトコールの一部としてソフトウェアも含まれている場合は、アルゴリズムなどは当然公開しなくてはなりませんし、その一環としてソースコードも公開するようになったのは自然な流れだと思います。
またソフトウェア開発元で、その企業の研究者によってキュレートされているデータセットが含まれている場合、その出典元を辿れない場合もあるため、よりオープンなものが良しとされます。

Visual Properties for CX

Background

Visual Properties aspect should be flexible enough to visualize all types of data in many formats. This is an list of examples how to represent various types of data in standard visualization types.

	"118"
	"119"
	"123"
	"125"
	"127"
	"130"
	"132"
	"134"
	"136"
	"138"

	#!/bin/bash

	####################################
	# System checker script for Mac
	####################################

	# Target Cytoscape version for this script
	CYTOSCAPE_VERSION="3.3.0"

	# Supported Mac OS versions

	#!/bin/bash

	####################################
	# System checker script for Linux
	####################################

	# Target Cytoscape version for this script
	CYTOSCAPE_VERSION="3.3.0"

	# Supported Distributions

	#!/bin/bash
	####################################
	# System checker script for Linux
	####################################

	# Target Cytoscape version for this script
	CYTOSCAPE_VERSION="3.3.0"

	APP_STORE_URL="apps.cytoscape.org"

	{
	"format_version" : "1.0",
	"generated_by" : "cytoscape-3.3.0",
	"target_cytoscapejs_version" : "~2.1",
	"data" : {
	"shared_name" : "Waldman, Anne, 1945-",
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