2段階認証を有効にする方法は適当にググってください。 たしか、ログインした状態で、右上のアイコンの右にある▼をクリック、Settings→Securityに「Two-factor authentication」という設定項目があるはずです。 Google Authenticatorなどの、RFC 6238 Time-Based One-Time Password Algorithmを搭載したトークン発生器を用意しておいてください。
ただし、二段階認証を有効にすると、コマンドラインでgit cloneしたり、push、pullなどの操作を行おうとすると、認証で蹴られるようになります。
二段階認証を有効にしたら、GitHubのウェブで、Personal Access Tokenを取得して、これを使います。 GitHubのCreating an access token for command-line useに書いてありますが、二段階認証を有効にしたときと同じく、ログインした状態で右上のアイコンの右にある▼をクリックし、「Personal access tokens」という項目でトークンの発行が可能です。