Kensuke Numakura knmkr

pgTAP に付随して公開されている pg_prove というツールでユニットテストの実行・計測ができる.

perl なので cpan からインストール. pg_prove コマンドが使えるようになる.

$ cpan TAP::Parser::SourceHandler::pgTAP
$ pg_prove --version
pg_prove 3.29

PostgreSQL のユニットテストフレームワーク pgTAP を使ってみる.

ドキュメント通りインストールする.

コンパイル:

$ wget http://api.pgxn.org/dist/pgtap/0.95.0/pgtap-0.95.0.zip
$ ./pgtap-0.95.0
$ cd pgtap-0.95.0

$ wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver
$ chmod +x liftOver

$ wget -r -l 0 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/human_9606/rs_fasta

To do	Git	Hg	reference
commit内容を表示	`git show`	`hg log -r REV -p`	link
直前のcommit取り消し（変更内容は保持）	`git reset --soft HEAD^`	`hg strip --keep -r .`	link, link
直前のcommitメッセージ変更	`git commit —amend`	?
ファイル削除も含めてadd	`git add —A`	`hg addremove`	`-A` = `--no-ignore-removal`
過去のcommitがHEADから何番目かを調べる	`git reflog`	?
特定のcommitまで戻る（HEADから何番目かを指定）	`git reset --hard HEAD@{1}`	?
addを取り消し	`git reset`	?
ステージされている変更のみを表示	`git diff head --cached?`	?

	#!/usr/bin/env python
	# -- coding: utf-8 --

	import argparse
	import gzip
	import re
	import sys

	from Bio import SeqIO
	from Bio.Alphabet import IUPAC

	CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS tablefunc;

	CREATE TEMP TABLE my_rows (age integer, gender varchar, val integer);
	INSERT INTO my_rows VALUES (10, 'M', 11), (10, 'W', 12), (10, 'A', 13);
	INSERT INTO my_rows VALUES (20, 'M', 21), (20, 'W', 22);
	INSERT INTO my_rows VALUES (30, 'A', 33);

	-- rows
	SELECT * FROM my_rows;
	-- age \| gender \| my_value

	DROP TABLE IF EXISTS my_tree;
	CREATE TABLE my_tree (id integer, parent integer);
	INSERT INTO my_tree VALUES (1, null), (2, 1), (3, 1), (4, 3);
	--
	-- 1
	-- / \
	-- 2 3
	-- \|
	-- 4

	DROP TABLE IF EXISTS snp_info;
	CREATE TABLE snp_info (
	snp_id varchar NOT NULL,
	foo integer,
	bar integer
	CHECK (foo IS NOT NULL OR bar IS NOT NULL)
	);

	-- Success:
	-- INSERT INTO snp_info VALUES ('rs10', 1, NULL);

	$ psql $dbname $username --tuples-only -c "SELECT substring(version() from 'PostgreSQL (\d\.\d)')::float >= 9.3"\| tr -d ' '
	t