ilevantis

Bedtools Cheatsheet

General:

Tools	Description
flank	Create new intervals from the flanks of existing intervals.
slop	Adjust the size of intervals.
shift	Adjust the position of intervals.
subtract	Remove intervals based on overlaps b/w two files.

hidao80

/**
 *  時分指定tootスクリプト
 *
 *  Google Spreadsheetのスクリプトとして設置する、時分指定でtootするためのスクリプト。
 *  このスクリプトのsetTrigger関数を日ごとに起動するトリガーに指定して利用する。
 *
 *  Spreadsheetの2行目2列目からn行目までに空行を含まずtootしたいメッセージを入力しておくと、
 *  上から順にtootし、一番下のメッセージまでTootしたら、一番上のメッセージに戻って
 *  tootを続ける。
 *

obelisk68

require 'gtk2'

module LifeGame
  class Field
    MG = 4
    Small, Large = [70, 50], [85, 60]
    
    def initialize
      @width, @height = Small
      @size = :small

sonots

rb_thread_call_without_gvl を使う

例えば普通に書くと

nvrtcResult status = nvrtcCreateProgram(&_prog, _src, _name, _numHeaders, _headers, _includeNames);

となる C 関数の呼び出しを、GVLを外して呼び出すには、

arose13

# Setup Ubuntu
sudo apt update --yes
sudo apt upgrade --yes

# Get Miniconda and make it the main Python interpreter
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh
bash ~/miniconda.sh -b -p ~/miniconda 
rm ~/miniconda.sh

export PATH=~/miniconda/bin:$PATH

crazyhottommy

An error

I was using TEQC to do quality control of my WES bam files aligned by bwa-mem. My data are paired end, so a function reads2pairs is called to make the paired-end reads to be a single fragment. I then get this error:

> readpairs <- reads2pairs(reads)
Error in reads2pairs(reads) : read pair IDs do not seem to be unique

I asked in the bioconductor support site and went to the source code of that function.

komasaru

class String
  def to_camel
    self.split(/_/).map(&:capitalize).join
    # or
    #self.split(/_/).map{ |w| w[0] = w[0].upcase; w }.join
  end

  def to_snake
    self.gsub(/([A-Z]+)([A-Z][a-z])/, '\1_\2')
        .gsub(/([a-z\d])([A-Z])/, '\1_\2')

mono0926

gitにおけるコミットログ/メッセージ例文集100の転載

例文を組み込んだAlfred Workflowを作りました: Alfred Git Commit Message Example

以下転載:

---

edrohler

Let [tag] = any tag in upstream repo

git fetch upstream --tags
git push origin --tags

PolarNick239

#
# Copyright (c) 2016, Nikolay Polyarnyi
# All rights reserved.
#

import numpy as np


def rgb_to_hsv(rgb):
    """