この記事はWorkflow Advent Calendar 2020の二日目の記事です。
自分は最近Snakemakeでワークフローを書いている。それまではシェルスクリプト → make → Rakeという風に、色々なやり方でワークフローを書いてきてたが、環境構築・再現性や分散処理の対応がしやすいSnakemakeに現在のところは落ち着いている。Snakemakeでコードの再現性に関わる技術はAnacondaとDocker（Singularity）である。ここでは、両方の技術は一長一短であり、両技術共に痒いところに手が届かない状況があるという話しをする。なお、自分はデータ解析を生業としており、データを前処理、解析、可視化しては、使うパッケージを適宜加えたり、減らしたりする探索的データ解析（EDA）の過程でSnakemakeを使っているため、事前に処理が決まっていて、あとはワークフロー化するだけの人とは状況がかなり違っている可能性があるので注意されたし。
Snakemake内でのAnacondaの使い方は簡単で、Snakemakeを実行する上で必要なSnakefileの中で、実行するruleにcondaタグを追加する。condaタグの中では、conda環境を構築する上で必要な共有ライブラリやらR,Pythonのパッケージやらを記述する。 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/deployment.html#integrated-package-management
あとは、snakemakeコマンドを実行する際に、--use-condaオプションを加えるだけで良い。
