nachocab

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// Custom JavaScript for Websites Chrome Extension Script for
// the italian dictionary www.treccani.it
// Author: Nacho - NachoTime Spanish
// URL: itsnachotime.com
// License: MIT

var style = document.createElement('style');
style.type = 'text/css';
style.innerHTML = `
.accezione + .sottoaccezione hr {

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// Author: Nacho - NachoTime Spanish
// URL: bit.ly/nachotime_vocab
// License: MIT

function newLink(opts) {
  let link = document.createElement('a');
  link.href = opts.href;
  link.innerHTML = opts.content;
  link.target = opts.newTab ? '_blank' : '';
  link.style = opts.style;

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get_sparse_pca <- function(gbm, n_pcs = 10, fastpath = FALSE) {
  x <- as.matrix(t(Biobase::exprs(gbm)))
  mu <- colMeans(x)
  s <- apply(x, 2, sd, na.rm = TRUE)
  s[s == 0] <- min(s[s > 0])
  svd_res <- irlba::irlba(x, nv = n_pcs, center = mu, scale = s, fastpath = fastpath)
  n <- dim(x)[1]
  variance_sum <- sum(apply(x, 2, var, na.rm = TRUE)/(s^2))
  var_pcs <- svd_res$d^2/(n - 1)/variance_sum
  pca_with_outliers <- list(

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const stampit = require('stampit')

Grade = stampit({
  init(percentage) {
    this.percentage = percentage
    this.grades = [
      {letter: 'A', minimumPercentage: 0.9, passing: true},
      {letter: 'B', minimumPercentage: 0.8, passing: true},
      {letter: 'C', minimumPercentage: 0.7, passing: true},
      {letter: 'D', minimumPercentage: 0.6, passing: true},

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El director del periódico de La Razón, Francisco Marhuenda, ha sido nombrado comisario honorario de la Policía Nacional por decisión del ministro del Interior en funciones, Jorge Fernández Díaz, han informado a eldiario.es fuentes policiales. El reconocimiento al periodista se produce a punto de cumplirse cuatro meses del Gobierno en funciones y cuando unas nuevas elecciones generales se avistan para el próximo mes de junio.

La Ley Orgánica 9/2015, de Régimen de Personal de la Policía Nacional, establece en su artículo 86.2 que “la distinción de miembro honorario de la Policía Nacional podrá otorgarse a aquellas personas que, no habiendo pertenecido al citado Cuerpo, se hubieran distinguido por los merecimientos contraídos en virtud de la labor realizada a favor del mismo”.

El expediente en el que se recogen los méritos para recibir la distinción es interno y no se hace público, por lo que resulta imposible conocer qué actuaciones ha protagonizado el agraciado para recibirla. La semana pasada, la Audiencia 

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install.packages("yaml")

# change path to your favorite local directory
gene_list <- function(filename, format = "yaml", path = "/Users/nacho/gene_info/gene_sets"){
    path <- file.path(path, filename)
    if (format == "yaml"){
        raw_genes <- yaml::yaml.load_file(path)
        # TODO: run through the nested names in genes and check that
        # there are no "." or ":", give warning or replace with "_"
        unlisted_genes <- unlist(raw_genes)

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my_factor <- factor(c("a", "b", "c", "b", "c"), levels = c("c", "b", "a"))
model.matrix(~my_factor) # smyth's way
m <- model.matrix(~ 0 + my_factor) # my way
colnames(m) <- levels(my_factor)
makeContrasts(average_levels = (a + b +c)/3,
              b_vs_a = b - a, levels = m)

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targets <- read.table("targets.txt", header = TRUE)
counts <- read.delim("counts.txt", row.names = "gene_id")
counts <- counts[, targets$sample_name] # important, the ordering of the columns in the counts file must match the sample_name in the targets file
group <- factor(targets$virus_dpi, levels = unique(targets$virus_dpi))

library(edgeR)
y <- DGEList(counts = counts, group = group)
y <- calcNormFactors(y)

design <- model.matrix( ~ 0 + group, data = y$samples)