Existe la posibilidad de que cuando Condor no tiene trabajo para ejecutar o que los trabajos que siguen en cola no tengan máquinas disponibles, se inicie el modo Backfill. Backfill es aprovechar el tiempo disponible de la máquina para ejecutar trabajos que necesitan mucho tiempo de computación.
Hasta la versión actual (CondorVersion: 7.6.6 Jan 17 2012 BuildID: 401976) el único sistema de Backfill soportado por Condor es [boinc.berkeley.edu BOINC], sistema para computación con recursos de voluntarios creado por la Universidad de California en Berkeley.