Voce deve usar a diretiva RewriteCond para adicionar condições para aplicar ou não o redirecionamento.
Por exemplo:
# Redirect when we have a single parameterRewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-dRewriteRule ^([a-zA-Z0-9_-]+)/$ index.php?mod=$1
Neste caso, as flags !-f e !-d estão determinando que o redirect só ocorrera se não existir arquivo ou pasta com a url correspondente.