(Инструкция подходит в случае, когда миграции зависят от Adv\Bitrixtools\Migration\SprintMigrationBase.php)
1 Создать в подходящем месте класс SprintMigrationBase на основе шаблона SprintMigrationBase.php . Например, его FQN = Acme\AcmeBundle\Migrations\SprintMigrationBase
2 Заменить во всех файлах Adv\Bitrixtools\Migration\SprintMigrationBase на Acme\AcmeBundle\Migrations\SprintMigrationBase (FQN SprintMigrationBase в конкретной библиотеке, бандле)
3 Проконтролировать, чтобы в конфиге миграций опция migration_extend_class также указывала на Acme\AcmeBundle\Migrations\SprintMigrationBase