This example allows you interchange a matrix column.

Intercambiar dos columnas de una matriz en java

import javax.swing.JOptionPane;

/**
 *
 * @author coder
 */
public class IntercambiarColumna {

    public static void main(String[] args) {
        new IntercambiarColumnas().imprimir();
    }

    private int[][] init() {
        int filas = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("Nro filas de la matriz"));
        int columnas = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("Nro columnas de la matriz"));
        int m[][] = new int[filas][columnas];
        for (int i = 0; i < m.length; i++) {
            for (int j = 0; j < m.length; j++) {
                m[i][j] = (int) (Math.random() * 10);
            }
        }
        return m;
    }

    private void imprimir() {
        System.out.println("MATRIZ ORIGINAL");
        int[][] b = init().clone();
        for (int i = 0; i < b.length; i++) {
            for (int j = 0; j < b.length; j++) {
                System.out.print(b[i][j] + "\t");
            }
            System.out.print("\n");
        }

        // intercambiar columnas
        intercambiarColumnas(b);
    }
    
    // here is the alghoritm
    private void intercambiarColumnas(int[][] c) {

        int columnaOrigen= Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("¿Columna que deseas cambiar?")) - 1;
        int columnaDestino = Integer.parseInt(JOptionPane.showInputDialog("¿Por cual columna la vas a cambiar?")) - 1;
        int auxiliar;

        for (int i = 0; i < c.length; i++) {
            auxiliar = c[i][columnaDestino];
            c[i][columnaDestino] = c[i][columnaOrigen];
            c[i][columnaOrigen] = auxiliar;
        }
        imprimirResultado(c);
    }

    private void imprimirResultado(int c[][]) {
        System.out.println(" ----------------------------------");
        System.out.println("MATRIZ MODIFICADA");
        for (int i = 0; i < c.length; i++) {
            for (int j = 0; j < c.length; j++) {
                System.out.print(c[i][j] + "\t");
            }
            System.out.print("\n");
        }
    }

}