Handler.java

// Cria essa variável antes de chamar o método
// Aqui você instancia um Handler, que é uma Atividade (Task) de segundo plano semelhante à AsynkTask.
Handler handler = new Handler();

/**
* Chama esse método de onde vc quer que o layout mude.
* Ex: Dentro do onCreate.
*/
public void metodoParaMudarBackground(Context context) {
	// Executa uma thread.
	handler.post(r);
}

// Thread pra mudar a cor.
final Runnable r = new Runnable() {

	@Override
	public void run() {
		// Aqui eu pego o ID do meu LinearLayout (obs.: pode ser qualquer layout)
		LinearLayout novoLayout = findViewById(R.id.idDoLinearLayout);
		//Aqui eu seto a Cor BRANCA no meu layout.
		novoLayout.setBackgroundColor((new Color()).WHITE);
		// Passados 2000 mili segundos (ou 2 segundos) ela executa a thread novamente.
		handler.postDelayed(this, 2000);
	}
};