おかもとさんより

gistfile1.php

<?php
add_filter( 'the_content', 'my_pre_shortcode', 7 );

function my_pre_shortcode( $content ) {
	global $shortcode_tags;

	$shortcode_tags_org = $shortcode_tags;
	remove_all_shortcodes();
	add_shortcode( 'code', 'code_shortcode_handler' );
	$content = do_shortcode( $content );
	$shortcode_tags = $shortcode_tags_org;

	return $content;
}


function code_shortcode_handler( $atts, $content = null ) {
	extract(shortcode_atts(array(
		'class' => 'code',
		'encode' => 'true',
		), $atts));

	if ( strtolower($encode) === 'true' )
		$content = htmlentities( $content, ENT_QUOTES, get_option('blog_charset') );

	return sprintf(
		'<pre class="%s"><code>%s</code></pre>'."\n\n",
		esc_attr( $class ),
		esc_html( $content )
		);
}

gistfile2.php

<?php
add_shortcode('code', 'my_shortcode_handler');

function my_shortcode_handler($atts, $content = null) {
	extract(shortcode_atts(array(
		'class' => 'code',
		'encode' => 'true',
		), $atts));

	if (strtolower($encode) === 'true' || $content != strip_tags($content))
		$content = htmlentities($content, ENT_QUOTES, get_option('blog_charset'));

	return sprintf(
		'<pre class="%s"><code>%s</code></pre>'."\n\n",
		esc_attr($class),
		esc_html($content),
		);
}

wokamotoさんのをフォーク。
最終的に、文脈に合わせて関数名の変更と、半角スペースを入れる変更を入れました。