Для автоматизации можно использовать менеджер контекста и с помощью модуля timer.py http://san-tit.blogspot.ru/2016/12/python.html

simpleTimeEstimate_v2.py

from timer import Timer
import numpy as np

#Генерация случайных массивов по 1000000 элементов
A = np.random.sample((1000, 1000))
B = np.random.sample((1000, 1000))


with Timer() as t:
    C = A*B
print ("Время выполнения: %s s" % t.secs)

timer.py

import time

class Timer(object):
    def __init__(self, verbose=False):
        self.verbose = verbose

    def __enter__(self):
        self.start = time.time()
        return self

    def __exit__(self, *args):
        self.end = time.time()
        self.secs = self.end - self.start
        self.msecs = self.secs * 1000
        if self.verbose:
            print ('Время выполения: %f ms' % self.msecs)