StaffanBetner’s gists

StaffanBetner / rmu_reliability.R

Created October 20, 2025 09:05

The ICC of posteriors

	#' Calculate Relative Measurement Uncertainty (RMU) from an rvar
	#'
	#' This function takes a vector of `rvar`s (one for each subject) and estimates
	#' the reliability of the posteriors using the Relative Measurement Uncertainty (RMU)
	#' method, as described by Bignardi et al. (2024). It is designed to be robust
	#' to the common case where the underlying array of a vector rvar from a model
	#' has a trailing dimension of 1 (e.g., [draws, subjects, 1]).
	#'
	#' @param intercepts_rvar A vector `rvar` object from the `posterior` package.
	#' Each element of the vector represents the posterior distribution for a

StaffanBetner / avanza plot.R

Created October 3, 2025 08:30

	pacman::p_load(pacman, tidyverse, rio, magrittr, janitor, ggdist, distributional)
	tibble::tribble(
	~Kön, ~Ålder, ~Kapital.Medel, ~Kapital.Median, ~Månadssparande.Medel, ~Månadssparande.Median,
	"Kvinna", 18L, 66660L, 10750L, 2440L, 550L,
	"Kvinna", 19L, 66510L, 12810L, 4570L, 1700L,
	"Kvinna", 20L, 71230L, 17110L, 4730L, 2000L,
	"Kvinna", 21L, 72470L, 16100L, 4110L, 1500L,
	"Kvinna", 22L, 71510L, 15910L, 3710L, 1400L,
	"Kvinna", 23L, 78860L, 16720L, 3590L, 1500L,
	"Kvinna", 24L, 78820L, 16570L, 3750L, 1500L,

StaffanBetner / index.html

Last active October 1, 2025 13:56

Interactive Confusion Matrix

	<!DOCTYPE html>
	<!-- Vibe coded with Gemini 2.5 Pro -->
	<html lang="en">
	<head>
	<meta charset="UTF-8">
	<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
	<title>Interactive Confusion Matrix</title>
	<script src="https://cdn.tailwindcss.com"></script>
	<style>
	body {

StaffanBetner / atc_reg.csv

Created August 27, 2025 11:36

We can't make this file beautiful and searchable because it's too large.

	atc,sv1,sv2,sv3,sv4,sv5
	A,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,,,,
	A01,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,,,
	A01A,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,,
	A01AA,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel mot karies,
	A01AA01,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel mot karies,Natriumfluorid
	A01AA02,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel mot karies,Natriummonofluorofosfat
	A01AA03,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel mot karies,Olaflur
	A01AA04,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel vid mun- och tandsjukdomar,Medel mot karies,Tennfluorid
	A01AA30,Matsmältningsorgan och ämnesomsättning,Medel vid

StaffanBetner / Third order Delta method.R

Last active April 23, 2025 10:31

	# Third order Delta method

	bias_adj <- function(mu, sigma, fun){
	first_deriv <- pracma::fderiv(fun, mu)
	second_deriv <- pracma::fderiv(fun, mu, n = 2)
	third_deriv <- pracma::fderiv(fun, mu, n = 3)
	moment1 <- fun(mu)+ # first order
	1/2second_derivsigma^2 # second order
	# the third order part evaluates to zero due to symmetry
	moment2 <- sqrt((first_deriv*sigma)^2+ # first order

StaffanBetner / app.R

Last active December 17, 2024 10:24

Overlapping Segments Viewer

	# Workaround for Chromium Issue 468227 - fixes download functionality in Chrome-based browsers
	downloadButton <- function(...) {
	tag <- shiny::downloadButton(...)
	tag$attribs$download <- NULL
	tag
	}

	# Load required packages
	library(shiny) # Core Shiny functionality
	library(DT) # For interactive data tables

StaffanBetner / app.R

Last active December 16, 2024 11:44

Seriation via Correspondence Analysis Shinylive App

StaffanBetner / brm_pathfinder_inits.R

Last active June 11, 2024 11:15

	library(cmdstanr)
	library(brms)

	brm_pathfinder_inits <- function(..., psis_resample=TRUE, max_lbfgs_iters = 2500, history_size = 100){
	brm(empty = T, ...) ->
	brm_empty

	cmdstanr::write_stan_file(brm_empty$model) %>%
	cmdstan_model(cpp_options = list(stan_threads = TRUE)) ->
	model_cmdstan

StaffanBetner / duckdb_write_parquet.R

Last active December 11, 2024 08:20

	library(duckdb)
	library(DBI)
	library(dbplyr)

	duckdb_write_parquet <- function(tbl_obj, filename){
	library(tictoc)
	library(glue)
	tbl_object$src$con -> con
	con %>% dbExecute("SET autoinstall_known_extensions=1;")
	con %>% dbExecute("SET autoload_known_extensions=1;")

StaffanBetner / iterfuns.hpp

Last active March 8, 2024 20:56

Sample Bootstrap Weights within Stan (once for every iteration)

	#ifndef DIRICHLET_RNG_WRAPPER_HPP
	#define DIRICHLET_RNG_WRAPPER_HPP

	#include <stan/math.hpp>
	#include <boost/random/mersenne_twister.hpp>
	#include <chrono>
	#include <Eigen/Dense>
	#include <iostream>

	// Declare an integer to keep track of the iteration count

Staffan Betnér StaffanBetner