コマンドプロンプトからショートカットが作りたくて作ったVBScriptです。

makeShortcut.vbs

' 引数確認
if WScript.Arguments.Count <> 2 then
	WScript.echo("引数を2つ指定してください。" + vbCrLf + WScript.ScriptName + " TargetPath ShortCutName")
    WScript.Quit(-1)
end if

' ファイルシステムオブジェクトの作成
set fobj = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
 
' TargetPathのフルパスを取得
targetPath = fobj.GetAbsolutePathName(WScript.Arguments(0))

' ShortCutNameのフルパスを取得
shortcutPath = fobj.GetAbsolutePathName(WScript.Arguments(1) + ".lnk")

' ショートカット生成
Set shell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Set shortCut = shell.CreateShortcut(shortcutPath)
shortCut.TargetPath = targetPath
shortCut.Save

文字コードはShift-JIS、改行コードはCRLFじゃないとちゃんと動かないっぽい。
改行コードは関係ないかも。