gistfile1.js

// Инициализируем попапы для всех элементов что попадают под селектор и получаем конструктор 
// поповера
var popoverConstructor = $(selector).popover({
		html: true,
		container: '.b-container',
		template: 'some template...',
		content: function() {
			// Обрабатываем контент и возвращаем
			return content;
		},
		placement: 'top'
	}).data().popover.constructor;

// Переопределяем прототип чтоб мы могли изменить поведение именно этого поповера
popoverConstructor.prototype = $.extend({}, popoverConstructor.prototype, {
	// Поведение метода applyPlacement можно изменить двумя способами.
	// 1. Мы выполняем оригинальный метод, а потом делаем допозиционирование
	applyPlacement: (function(fn) {
		return function() {
			var result = fn.apply(this, arguments);

			// Тут делаем допозиционирование и возвращаем результат оригинального метода
			return result;
		}
	})(popoverConstructor.prototype.applyPlacement),

	// 2. Мы полностью переопределяем метод и пишем позиционирование сами
	applyPlacement: function() {
		// Позиционируем поповер сами
	},
	replaceArrow: function(delta, dimension, position) {
		// Позиционируем стрелку
	}
});