adRn-s · August 19, 2022 09:57 · adRn-s · Aug 19, 2022
diff --git a/plink_gwas.patch b/plink_gwas.patch
 diff --git a/bio/plink/assoc/environment.yaml b/bio/plink/assoc/environment.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..047cb3f
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/environment.yaml
 @@ -0,0 +1,6 @@
 +channels:
 +  - bioconda
 +  - conda-forge
 +dependencies:
 +  - plink =1.90
 +  - pandas =1.1
 diff --git a/bio/plink/assoc/meta.yaml b/bio/plink/assoc/meta.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..104e460
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/meta.yaml
 @@ -0,0 +1,8 @@
 +name: plink_assoc
 +description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc> for details.
 +authors:
 +  - A.s.
 +input:
 +  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
 +output:
 +  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc> for column specifications.
 diff --git a/bio/plink/assoc/test/Snakefile b/bio/plink/assoc/test/Snakefile
 new file mode 100644
 index 0000000..036c0d9
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/test/Snakefile
 @@ -0,0 +1,25 @@
 +rule assoc:
 +    input:
 +        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped")
 +    output:
 +        multiext("plinkdata.", "assoc.fisher", "assoc.fisher.mperm")
 +    params:
 +        extra_assoc="fisher-midp mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
 +    threads: 1
 +    log:
 +        "logs/plink/assoc.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/assoc"
 +
 +rule qassoc:
 +    input:
 +        multiext("plinkQdata.", "fam", "map", "ped")
 +    output:
 +        multiext("plinkQdata.", "assoc", "assoc.mperm")
 +    params:
 +        extra_assoc="mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
 +    threads: 1
 +    log:
 +        "logs/plink/qassoc.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/assoc"
 diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam
 new file mode 100644
 index 0000000..198f5ac
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.fam
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 0
 +2 2 0 0 1 0
 +3 3 0 0 1 1
 +4 4 0 0 1 1
 +5 5 0 0 1 0
 +6 6 0 0 1 0
 +7 7 0 0 1 1
 +8 8 0 0 1 1
 +9 9 0 0 1 1
 +10 10 0 0 1 1
 +11 11 0 0 1 1
 +12 12 0 0 1 1
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 +87 87 0 0 2 1
 +88 88 0 0 2 8
 diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map
 new file mode 100644
 index 0000000..0840145
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.map
 @@ -0,0 +1,16 @@
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 +1	.	0	70452698
 +1	.	0	70453393
 +1	.	0	70453432
 diff --git a/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped
 new file mode 100644
 index 0000000..cae083a
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/test/plinkQdata.ped
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +2 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +3 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +5 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +6 6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +7 7 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
 +8 8 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +9 9 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +10 10 0 0 1 1 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
 +11 11 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +12 12 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +13 13 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +14 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +15 15 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +16 16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +17 17 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +18 18 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +19 19 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +20 20 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +21 21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +22 22 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +23 23 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +24 24 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +25 25 0 0 1 1 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +26 26 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +27 27 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +28 28 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +29 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +30 30 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +31 31 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +32 32 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +33 33 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +34 34 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +35 35 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +36 36 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +37 37 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +38 38 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +39 39 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +40 40 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +41 41 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +42 42 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +43 43 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +44 44 0 0 2 1 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +45 45 0 0 2 0 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +46 46 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +47 47 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +48 48 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +49 49 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +50 50 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +51 51 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +52 52 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +53 53 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +54 54 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +55 55 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +56 56 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +57 57 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +58 58 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +59 59 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +60 60 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
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 new file mode 100644
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 +61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +69 69 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +70 70 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +71 71 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +72 72 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +73 73 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +74 74 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +75 75 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +76 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +77 77 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +78 78 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +79 79 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +80 80 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +81 81 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +82 82 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +83 83 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +84 84 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +85 85 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +86 86 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +87 87 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +88 88 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 diff --git a/bio/plink/assoc/wrapper.py b/bio/plink/assoc/wrapper.py
 new file mode 100644
 index 0000000..816eefb
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/assoc/wrapper.py
 @@ -0,0 +1,50 @@
 +"""Snakemake wrapper for plink"""
 +
 +__author__ = "A.s."
 +__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
 +__email__ = "[email protected]"
 +__license__ = "MIT"
 +
 +from snakemake.shell import shell
 +import pandas as pd
 +
 +
 +def get_prefix_4(pathList):
 +    basenames = [x[:-4] for x in pathList]
 +    if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +        raise Exception(
 +            f"1. Something went wrong between input basenames. Keep multiext() please. ver {basenames}"
 +        )
 +    return basenames[0]
 +
 +
 +def get_prefix_str(pathList, ext):
 +    if len(pathList) == 0:
 +        prefix = "plink"
 +    else:
 +        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
 +        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +            raise Exception(
 +                f"2. Something went wrong between input basenames. Keep multiext() please. ver {basenames}"
 +            )
 +        prefix = basenames[0]
 +    return prefix
 +
 +
 +log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
 +prefix_in = get_prefix_4(snakemake.input)
 +fam = pd.read_table(f"{prefix_in}.fam", sep=" ", header=None)
 +if len(set(fam[5]).difference({-9, 0, 1, 2})) > 0:
 +    prefix_out_ext = "qassoc"
 +else:
 +    prefix_out_ext = "assoc"
 +prefix_out = get_prefix_str(snakemake.output, prefix_out_ext)
 +extra_assoc = snakemake.params.get("extra_assoc", "")
 +
 +shell(
 +    "(plink --assoc {extra_assoc}"
 +    " --threads {snakemake.threads}"
 +    " --ped {prefix_in}.ped --map {prefix_in}.map"
 +    " --out {prefix_out} )"
 +    " {log}"
 +)
 diff --git a/bio/plink/linear/environment.yaml b/bio/plink/linear/environment.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..9f77715
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/environment.yaml
 @@ -0,0 +1,5 @@
 +channels:
 +  - bioconda
 +  - conda-forge
 +dependencies:
 +  - plink =1.90
 diff --git a/bio/plink/linear/meta.yaml b/bio/plink/linear/meta.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..530da8e
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/meta.yaml
 @@ -0,0 +1,8 @@
 +name: plink_linear
 +description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#linear> for details.
 +authors:
 +  - A.s.
 +input:
 +  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
 +output:
 +  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc_linear> for column specifications.
 diff --git a/bio/plink/linear/test/Snakefile b/bio/plink/linear/test/Snakefile
 new file mode 100644
 index 0000000..0202ce8
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/test/Snakefile
 @@ -0,0 +1,14 @@
 +rule linear:
 +    input:
 +        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
 +    output:
 +        "plinkdata.assoc.linear"
 +    params:
 +        extra_linear="standard-beta genotypic interaction --parameters 1-5, 7",
 +        extra_covar="keep-pheno-on-missing-cov",
 +        covariables=["binary_column", "case_control_with_missingness"]
 +    threads: 1
 +    log:
 +        "logs/plink/linear.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/linear"
 diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov b/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov
 new file mode 100644
 index 0000000..5fabaaa
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.cov
 @@ -0,0 +1,89 @@
 +FID IID binary_column case_control_with_missingness
 +1 1 0 1
 +2 2 0 0
 +3 3 1 2
 +4 4 1 2
 +5 5 0 1
 +6 6 0 1
 +7 7 1 2
 +8 8 1 2
 +9 9 1 0
 +10 10 1 2
 +11 11 1 2
 +12 12 1 2
 +13 13 1 2
 +14 14 0 1
 +15 15 1 2
 +16 16 0 1
 +17 17 1 2
 +18 18 1 2
 +19 19 1 2
 +20 20 1 2
 +21 21 0 1
 +22 22 1 2
 +23 23 0 1
 +24 24 1 2
 +25 25 1 2
 +26 26 0 0
 +27 27 1 2
 +28 28 0 1
 +29 29 0 1
 +30 30 0 1
 +31 31 1 2
 +32 32 1 2
 +33 33 0 1
 +34 34 1 2
 +35 35 1 2
 +36 36 0 1
 +37 37 1 2
 +38 38 1 2
 +39 39 1 2
 +40 40 1 2
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 +45 45 0 0
 +46 46 1 2
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 +57 57 1 2
 +58 58 1 2
 +59 59 1 2
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 +61 61 1 2
 +62 62 1 2
 +63 63 0 1
 +64 64 0 1
 +65 65 0 1
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 +67 67 1 2
 +68 68 1 2
 +69 69 1 2
 +70 70 1 0
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 +72 72 0 1
 +73 73 0 1
 +74 74 1 2
 +75 75 0 1
 +76 76 0 1
 +77 77 0 1
 +78 78 1 2
 +79 79 1 2
 +80 80 0 1
 +81 81 1 2
 +82 82 0 1
 +83 83 0 0
 +84 84 0 1
 +85 85 0 1
 +86 86 1 2
 +87 87 1 2
 +88 88 1 2
 diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam b/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam
 new file mode 100644
 index 0000000..13bd86b
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.fam
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 -2.05
 +2 2 0 0 1 -1.52
 +3 3 0 0 1 1.34
 +4 4 0 0 1 0.01
 +5 5 0 0 1 -0.24
 +6 6 0 0 1 0.83
 +7 7 0 0 1 0.13
 +8 8 0 0 1 1.24
 +9 9 0 0 1 0.63
 +10 10 0 0 1 1.39
 +11 11 0 0 1 -0.99
 +12 12 0 0 1 -0.73
 +13 13 0 0 1 -1.08
 +14 14 0 0 1 -1.53
 +15 15 0 0 1 -0.42
 +16 16 0 0 1 0.14
 +17 17 0 0 1 1.61
 +18 18 0 0 1 0.24
 +19 19 0 0 1 0.37
 +20 20 0 0 1 0.92
 +21 21 0 0 1 -2.44
 +22 22 0 0 1 1.14
 +23 23 0 0 1 -0.1
 +24 24 0 0 1 0.97
 +25 25 0 0 1 1.03
 +26 26 0 0 1 0.51
 +27 27 0 0 1 -0.85
 +28 28 0 0 1 -1.31
 +29 29 0 0 1 0.9
 +30 30 0 0 1 -1.51
 +31 31 0 0 1 -1.07
 +32 32 0 0 1 1.0
 +33 33 0 0 1 1.29
 +34 34 0 0 1 -0.82
 +35 35 0 0 1 1.92
 +36 36 0 0 1 1.69
 +37 37 0 0 1 1.7
 +38 38 0 0 1 -0.5
 +39 39 0 0 1 -0.05
 +40 40 0 0 2 -0.68
 +41 41 0 0 2 0.85
 +42 42 0 0 2 1.8
 +43 43 0 0 2 -1.24
 +44 44 0 0 2 -1.45
 +45 45 0 0 2 1.26
 +46 46 0 0 2 1.29
 +47 47 0 0 2 -1.31
 +48 48 0 0 2 0.35
 +49 49 0 0 2 -0.23
 +50 50 0 0 2 -0.15
 +51 51 0 0 2 -0.55
 +52 52 0 0 2 1.14
 +53 53 0 0 2 0.97
 +54 54 0 0 2 -0.54
 +55 55 0 0 2 -0.55
 +56 56 0 0 2 -0.32
 +57 57 0 0 2 -2.09
 +58 58 0 0 2 -1.01
 +59 59 0 0 2 0.18
 +60 60 0 0 2 0.86
 +61 61 0 0 2 -1.47
 +62 62 0 0 2 0.41
 +63 63 0 0 2 -3.48
 +64 64 0 0 2 -1.7
 +65 65 0 0 2 0.65
 +66 66 0 0 2 2.21
 +67 67 0 0 2 0.96
 +68 68 0 0 2 -1.77
 +69 69 0 0 2 -0.04
 +70 70 0 0 2 0.66
 +71 71 0 0 2 1.39
 +72 72 0 0 2 1.4
 +73 73 0 0 2 2.0
 +74 74 0 0 2 2.16
 +75 75 0 0 2 -2.0
 +76 76 0 0 2 -1.19
 +77 77 0 0 2 -0.64
 +78 78 0 0 2 1.08
 +79 79 0 0 2 1.13
 +80 80 0 0 2 0.08
 +81 81 0 0 2 -0.89
 +82 82 0 0 2 -1.98
 +83 83 0 0 2 -1.7
 +84 84 0 0 2 -1.18
 +85 85 0 0 2 -1.12
 +86 86 0 0 2 -0.62
 +87 87 0 0 2 -1.12
 +88 88 0 0 2 -1.42
 diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.map b/bio/plink/linear/test/plinkdata.map
 new file mode 100644
 index 0000000..0840145
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.map
 @@ -0,0 +1,16 @@
 +1	.	0	70404752
 +1	.	0	70405237
 +1	.	0	70405539
 +1	.	0	70405855
 +1	.	0	70406518
 +1	.	0	70446110
 +1	.	0	70450669
 +1	.	0	70450683
 +1	.	0	70450917
 +1	.	0	70451064
 +1	.	0	70451759
 +1	.	0	70451922
 +1	.	0	70452471
 +1	.	0	70452698
 +1	.	0	70453393
 +1	.	0	70453432
 diff --git a/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped b/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped
 new file mode 100644
 index 0000000..c3a6758
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/test/plinkdata.ped
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 -2.05 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +2 2 0 0 1 -1.52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +3 3 0 0 1 1.34 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +4 4 0 0 1 0.01 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +5 5 0 0 1 -0.24 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +6 6 0 0 1 0.83 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +7 7 0 0 1 0.13 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
 +8 8 0 0 1 1.24 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +9 9 0 0 1 0.63 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +10 10 0 0 1 1.39 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
 +11 11 0 0 1 -0.99 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +12 12 0 0 1 -0.73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +13 13 0 0 1 -1.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +14 14 0 0 1 -1.53 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +15 15 0 0 1 -0.42 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +16 16 0 0 1 0.14 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +17 17 0 0 1 1.61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +18 18 0 0 1 0.24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +19 19 0 0 1 0.37 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +20 20 0 0 1 0.92 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +21 21 0 0 1 -2.44 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +22 22 0 0 1 1.14 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +23 23 0 0 1 -0.1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +24 24 0 0 1 0.97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +25 25 0 0 1 1.03 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +26 26 0 0 1 0.51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +27 27 0 0 1 -0.85 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +28 28 0 0 1 -1.31 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +29 29 0 0 1 0.9 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +30 30 0 0 1 -1.51 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +31 31 0 0 1 -1.07 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +32 32 0 0 1 1.0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +33 33 0 0 1 1.29 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +34 34 0 0 1 -0.82 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +35 35 0 0 1 1.92 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +36 36 0 0 1 1.69 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +37 37 0 0 1 1.7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +38 38 0 0 1 -0.5 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +39 39 0 0 1 -0.05 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +40 40 0 0 2 -0.68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +41 41 0 0 2 0.85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +42 42 0 0 2 1.8 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +43 43 0 0 2 -1.24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +44 44 0 0 2 -1.45 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +45 45 0 0 2 1.26 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +46 46 0 0 2 1.29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +47 47 0 0 2 -1.31 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +48 48 0 0 2 0.35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +49 49 0 0 2 -0.23 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +50 50 0 0 2 -0.15 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +51 51 0 0 2 -0.55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +52 52 0 0 2 1.14 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +53 53 0 0 2 0.97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +54 54 0 0 2 -0.54 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +55 55 0 0 2 -0.55 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +56 56 0 0 2 -0.32 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +57 57 0 0 2 -2.09 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +58 58 0 0 2 -1.01 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +59 59 0 0 2 0.18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +60 60 0 0 2 0.86 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +61 61 0 0 2 -1.47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +62 62 0 0 2 0.41 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +63 63 0 0 2 -3.48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +64 64 0 0 2 -1.7 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +65 65 0 0 2 0.65 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +66 66 0 0 2 2.21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +67 67 0 0 2 0.96 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +68 68 0 0 2 -1.77 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +69 69 0 0 2 -0.04 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +70 70 0 0 2 0.66 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +71 71 0 0 2 1.39 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +72 72 0 0 2 1.4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +73 73 0 0 2 2.0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +74 74 0 0 2 2.16 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +75 75 0 0 2 -2.0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +76 76 0 0 2 -1.19 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +77 77 0 0 2 -0.64 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +78 78 0 0 2 1.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +79 79 0 0 2 1.13 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +80 80 0 0 2 0.08 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +81 81 0 0 2 -0.89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +82 82 0 0 2 -1.98 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +83 83 0 0 2 -1.7 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +84 84 0 0 2 -1.18 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +85 85 0 0 2 -1.12 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +86 86 0 0 2 -0.62 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +87 87 0 0 2 -1.12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +88 88 0 0 2 -1.42 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 diff --git a/bio/plink/linear/wrapper.py b/bio/plink/linear/wrapper.py
 new file mode 100644
 index 0000000..72b7480
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/linear/wrapper.py
 @@ -0,0 +1,40 @@
 +"""Snakemake wrapper for plink"""
 +
 +__author__ = "A.s."
 +__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
 +__email__ = "[email protected]"
 +__license__ = "MIT"
 +
 +from snakemake.shell import shell
 +
 +
 +def get_prefix_str(pathList, ext):
 +    if len(pathList) == 0:
 +        prefix == "plink"
 +    else:
 +        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
 +        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +            raise Exception(
 +                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
 +            )
 +        prefix = basenames[0]
 +    return prefix
 +
 +
 +log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
 +prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "assoc.linear")
 +extra_linear = snakemake.params.get("extra_linear", "")
 +extra_covar = snakemake.params.get("extra_covar", "")
 +covar_names = snakemake.params.get("covariables", "")
 +
 +if len(covar_names) > 0:
 +    covar_names = str(covar_names)[1:-1]
 +    covar = f" --covar {prefix}.cov {extra_covar} --covar-name {covar_names} "
 +else:
 +    covar = ""
 +
 +shell(
 +    "(plink --linear {extra_linear} {covar} --threads {snakemake.threads}"
 +    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map --out {prefix} )"
 +    " {log}"
 +)
 diff --git a/bio/plink/logistic/environment.yaml b/bio/plink/logistic/environment.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..9f77715
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/logistic/environment.yaml
 @@ -0,0 +1,5 @@
 +channels:
 +  - bioconda
 +  - conda-forge
 +dependencies:
 +  - plink =1.90
 diff --git a/bio/plink/logistic/meta.yaml b/bio/plink/logistic/meta.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..188bea2
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/logistic/meta.yaml
 @@ -0,0 +1,8 @@
 +name: plink_logistic
 +description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#linear> for details.
 +authors:
 +  - A.s.
 +input:
 +  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
 +output:
 +  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#assoc_linear> for column specifications.
 diff --git a/bio/plink/logistic/test/Snakefile b/bio/plink/logistic/test/Snakefile
 new file mode 100644
 index 0000000..09ccf21
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/logistic/test/Snakefile
 @@ -0,0 +1,14 @@
 +rule logistic:
 +    input:
 +        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
 +    output:
 +        "plinkdata.assoc.logistic"
 +    params:
 +        extra_logistic="--parameters 1-5, 7",
 +        extra_covar="",
 +        covariables=["quantitative_column", "case_control_with_missingness"]
 +    threads: 1
 +    log:
 +        "logs/plink/logistic.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/logistic"
 diff --git a/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov b/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov
 new file mode 100644
 index 0000000..f2c635d
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/logistic/test/plinkdata.cov
 @@ -0,0 +1,89 @@
 +FID IID quantitative_column case_control_with_missingness
 +1 1 -2.05 1
 +2 2 -1.52 0
 +3 3 1.34 2
 +4 4 0.01 2
 +5 5 -0.24 1
 +6 6 0.83 1
 +7 7 0.13 2
 +8 8 1.24 2
 +9 9 0.63 0
 +10 10 1.39 2
 +11 11 -0.99 2
 +12 12 -0.73 2
 +13 13 -1.08 2
 +14 14 -1.53 1
 +15 15 -0.42 2
 +16 16 0.14 1
 +17 17 1.61 2
 +18 18 0.24 2
 +19 19 0.37 2
 +20 20 0.92 2
 +21 21 -2.44 1
 +22 22 1.14 2
 +23 23 -0.1 1
 +24 24 0.97 2
 +25 25 1.03 2
 +26 26 0.51 0
 +27 27 -0.85 2
 +28 28 -1.31 1
 +29 29 0.9 1
 +30 30 -1.51 1
 +31 31 -1.07 2
 +32 32 1.0 2
 +33 33 1.29 1
 +34 34 -0.82 2
 +35 35 1.92 2
 +36 36 1.69 1
 +37 37 1.7 2
 +38 38 -0.5 2
 +39 39 -0.05 2
 +40 40 -0.68 2
 +41 41 0.85 2
 +42 42 1.8 2
 +43 43 -1.24 2
 +44 44 -1.45 2
 +45 45 1.26 0
 +46 46 1.29 2
 +47 47 -1.31 2
 +48 48 0.35 2
 +49 49 -0.23 2
 +50 50 -0.15 2
 +51 51 -0.55 2
 +52 52 1.14 2
 +53 53 0.97 2
 +54 54 -0.54 2
 +55 55 -0.55 2
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 +57 57 -2.09 2
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 +75 75 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +76 76 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +77 77 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +78 78 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +79 79 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +80 80 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +81 81 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +82 82 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +83 83 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +84 84 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +85 85 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +86 86 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +87 87 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +88 88 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 diff --git a/bio/plink/logistic/wrapper.py b/bio/plink/logistic/wrapper.py
 new file mode 100644
 index 0000000..5825688
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/logistic/wrapper.py
 @@ -0,0 +1,40 @@
 +"""Snakemake wrapper for plink"""
 +
 +__author__ = "A.s."
 +__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
 +__email__ = "[email protected]"
 +__license__ = "MIT"
 +
 +from snakemake.shell import shell
 +
 +
 +def get_prefix_str(pathList, ext):
 +    if len(pathList) == 0:
 +        prefix = "plink"
 +    else:
 +        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
 +        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +            raise Exception(
 +                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
 +            )
 +        prefix = basenames[0]
 +    return prefix
 +
 +
 +log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
 +prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "assoc.logistic")
 +extra_logistic = snakemake.params.get("extra_logistic", "")
 +extra_covar = snakemake.params.get("extra_covar", "")
 +covar_names = snakemake.params.get("covariables", "")
 +
 +if len(covar_names) > 0:
 +    covar_names = str(covar_names)[1:-1]
 +    covar = f" --covar {prefix}.cov {extra_covar} --covar-name {covar_names} "
 +else:
 +    covar = ""
 +
 +shell(
 +    "(plink --logistic {extra_logistic} {covar} --threads {snakemake.threads}"
 +    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map --out {prefix} )"
 +    " {log}"
 +)
 diff --git a/bio/plink/model/environment.yaml b/bio/plink/model/environment.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..9f77715
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/environment.yaml
 @@ -0,0 +1,5 @@
 +channels:
 +  - bioconda
 +  - conda-forge
 +dependencies:
 +  - plink =1.90
 diff --git a/bio/plink/model/meta.yaml b/bio/plink/model/meta.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..5367997
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/meta.yaml
 @@ -0,0 +1,8 @@
 +name: plink_model
 +description: PLINK basic association tests for each allele, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/assoc#model> for details.
 +authors:
 +  - A.s.
 +input:
 +  - Plink format file(s) with genotype and phenotype information.
 +output:
 +  - Plink tests results in plain text table, see <https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#model> for column specifications.
 diff --git a/bio/plink/model/test/Snakefile b/bio/plink/model/test/Snakefile
 new file mode 100644
 index 0000000..1d51635
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/test/Snakefile
 @@ -0,0 +1,12 @@
 +rule model:
 +    input:
 +        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped")
 +    output:
 +        multiext("plinkdata.", "model", "model.best.fisher.mperm")
 +    params:
 +        extra_model="fisher-midp mperm=5000 --hwe 1e-8 midp --seed 9034"
 +    threads: 1
 +    log:
 +        "logs/plink/model.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/model"
 diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.fam b/bio/plink/model/test/plinkdata.fam
 new file mode 100644
 index 0000000..9bdc157
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.fam
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 0
 +2 2 0 0 1 0
 +3 3 0 0 1 1
 +4 4 0 0 1 1
 +5 5 0 0 1 0
 +6 6 0 0 1 0
 +7 7 0 0 1 1
 +8 8 0 0 1 1
 +9 9 0 0 1 1
 +10 10 0 0 1 1
 +11 11 0 0 1 1
 +12 12 0 0 1 1
 +13 13 0 0 1 1
 +14 14 0 0 1 0
 +15 15 0 0 1 1
 +16 16 0 0 1 0
 +17 17 0 0 1 1
 +18 18 0 0 1 1
 +19 19 0 0 1 1
 +20 20 0 0 1 1
 +21 21 0 0 1 0
 +22 22 0 0 1 1
 +23 23 0 0 1 0
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 +29 29 0 0 1 0
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 +86 86 0 0 2 1
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 +88 88 0 0 2 1
 diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.map b/bio/plink/model/test/plinkdata.map
 new file mode 100644
 index 0000000..0840145
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.map
 @@ -0,0 +1,16 @@
 +1	.	0	70404752
 +1	.	0	70405237
 +1	.	0	70405539
 +1	.	0	70405855
 +1	.	0	70406518
 +1	.	0	70446110
 +1	.	0	70450669
 +1	.	0	70450683
 +1	.	0	70450917
 +1	.	0	70451064
 +1	.	0	70451759
 +1	.	0	70451922
 +1	.	0	70452471
 +1	.	0	70452698
 +1	.	0	70453393
 +1	.	0	70453432
 diff --git a/bio/plink/model/test/plinkdata.ped b/bio/plink/model/test/plinkdata.ped
 new file mode 100644
 index 0000000..cae083a
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/test/plinkdata.ped
 @@ -0,0 +1,88 @@
 +1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +2 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +3 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +4 4 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +5 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +6 6 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +7 7 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 A G T T 0 0 0 0 0 0
 +8 8 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +9 9 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +10 10 0 0 1 1 0 0 A G G A A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A C T
 +11 11 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +12 12 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +13 13 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +14 14 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +15 15 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +16 16 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +17 17 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +18 18 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +19 19 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +20 20 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +21 21 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +22 22 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 T G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +23 23 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +24 24 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +25 25 0 0 1 1 0 0 A G G A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +26 26 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +27 27 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +28 28 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +29 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +30 30 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +31 31 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +32 32 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +33 33 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +34 34 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +35 35 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +36 36 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +37 37 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +38 38 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +39 39 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +40 40 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +41 41 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +42 42 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +43 43 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +44 44 0 0 2 1 0 0 A G 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +45 45 0 0 2 0 0 0 A G 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +46 46 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +47 47 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +48 48 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +49 49 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +50 50 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +51 51 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +52 52 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T A 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +53 53 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +54 54 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +55 55 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +56 56 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +57 57 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +58 58 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +59 59 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +60 60 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T G G 0 0 0 0
 +61 61 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +62 62 0 0 2 1 A G 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +63 63 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +64 64 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +65 65 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +66 66 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +67 67 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +68 68 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +69 69 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +70 70 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 AC A 0 0
 +71 71 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +72 72 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +73 73 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +74 74 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 A G T A 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +75 75 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +76 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +77 77 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 C T 0 0 0 0 0 0
 +78 78 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +79 79 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +80 80 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +81 81 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +82 82 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +83 83 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 A G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +84 84 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +85 85 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +86 86 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +87 87 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 +88 88 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 G G 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 T T 0 0 0 0 0 0
 diff --git a/bio/plink/model/wrapper.py b/bio/plink/model/wrapper.py
 new file mode 100644
 index 0000000..8943987
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/model/wrapper.py
 @@ -0,0 +1,34 @@
 +"""Snakemake wrapper for plink"""
 +
 +__author__ = "A.s."
 +__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
 +__email__ = "[email protected]"
 +__license__ = "MIT"
 +
 +from snakemake.shell import shell
 +
 +
 +def get_prefix_str(pathList, ext):
 +    if len(pathList) == 0:
 +        prefix = "plink"
 +    else:
 +        basenames = [x.split("." + ext)[0] for x in pathList]
 +        if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +            raise Exception(
 +                "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
 +            )
 +        prefix = basenames[0]
 +    return prefix
 +
 +
 +log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
 +prefix = get_prefix_str(snakemake.output, "model")
 +extra_model = snakemake.params.get("extra_model", "")
 +
 +shell(
 +    "(plink --model {extra_model}"
 +    " --threads {snakemake.threads}"
 +    " --ped {prefix}.ped --map {prefix}.map"
 +    " --out {prefix} )"
 +    " {log}"
 +)
 diff --git a/bio/plink/preprocess/environment.yaml b/bio/plink/preprocess/environment.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..047cb3f
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/environment.yaml
 @@ -0,0 +1,6 @@
 +channels:
 +  - bioconda
 +  - conda-forge
 +dependencies:
 +  - plink =1.90
 +  - pandas =1.1
 diff --git a/bio/plink/preprocess/meta.yaml b/bio/plink/preprocess/meta.yaml
 new file mode 100644
 index 0000000..4382ed4
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/meta.yaml
 @@ -0,0 +1,9 @@
 +name: plink_preprocess
 +description: Convert from standard formats (VCF for genotypes and CSV for phenotypes) and the file formats (fam/ map/ ped) used by PLINK. See https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats and https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/input for further details about the file formats used by PLINK. Also consider reading https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/data for all the available extra params (file and recode). Parameter 'phenotype_column_name' is mandatory. Sex colum name and male/ female encoding should be provided but they're optional. Covariables (a list of column names) will be optionally used in Linear/ Logistic regression testing only.
 +authors:
 +  - A.s.
 +input:
 +  - A VCF-formatted file
 +  - A CSV-formatted file
 +output:
 +  - Plink format files (fam/ map/ ped) with genotype and phenotype information ready for association testing.
 diff --git a/bio/plink/preprocess/test/Snakefile b/bio/plink/preprocess/test/Snakefile
 new file mode 100644
 index 0000000..3bb805c
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/test/Snakefile
 @@ -0,0 +1,19 @@
 +rule preprocess:
 +    input:
 +        vcf="min.vcf",
 +        csv="min.csv"
 +    output:
 +        multiext("plinkdata.", "fam", "map", "ped", "cov")
 +    params:
 +        extra_recode="",
 +        extra_file="",
 +        missing_code="0",
 +        phenotype_column_name="binary_column",
 +        sex_column_name="sex_column",
 +        sex_male_code="male",
 +        sex_female_code="female",
 +        covariables=["quantitative_column", "case_control_with_missingness"]
 +    log:
 +        "logs/plink/preprocess.log"
 +    wrapper:
 +        "master/bio/plink/preprocess"
 diff --git a/bio/plink/preprocess/test/min.csv b/bio/plink/preprocess/test/min.csv
 new file mode 100644
 index 0000000..6a0392a
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/test/min.csv
 @@ -0,0 +1,89 @@
 +sample_id,binary_column,quantitative_column,case_control_with_missingness,sex_column
 +1,1,-2.05,1,male
 +2,1,-1.52,0,male
 +3,2,1.34,2,male
 +4,2,0.01,2,male
 +5,1,-0.24,1,male
 +6,1,0.83,1,male
 +7,2,0.13,2,male
 +8,2,1.24,2,male
 +9,2,0.63,0,male
 +10,2,1.39,2,male
 +11,2,-0.99,2,male
 +12,2,-0.73,2,male
 +13,2,-1.08,2,male
 +14,1,-1.53,1,male
 +15,2,-0.42,2,male
 +16,1,0.14,1,male
 +17,2,1.61,2,male
 +18,2,0.24,2,male
 +19,2,0.37,2,male
 +20,2,0.92,2,male
 +21,1,-2.44,1,male
 +22,2,1.14,2,male
 +23,1,-0.1,1,male
 +24,2,0.97,2,male
 +25,2,1.03,2,male
 +26,1,0.51,0,male
 +27,2,-0.85,2,male
 +28,1,-1.31,1,male
 +29,1,0.9,1,male
 +30,1,-1.51,1,male
 +31,2,-1.07,2,male
 +32,2,1,2,male
 +33,1,1.29,1,male
 +34,2,-0.82,2,male
 +35,2,1.92,2,male
 +36,1,1.69,1,male
 +37,2,1.7,2,male
 +38,2,-0.5,2,male
 +39,2,-0.05,2,male
 +40,2,-0.68,2,female
 +41,2,0.85,2,female
 +42,2,1.8,2,female
 +43,2,-1.24,2,female
 +44,2,-1.45,2,female
 +45,1,1.26,0,female
 +46,2,1.29,2,female
 +47,2,-1.31,2,female
 +48,2,0.35,2,female
 +49,2,-0.23,2,female
 +50,2,-0.15,2,female
 +51,2,-0.55,2,female
 +52,2,1.14,2,female
 +53,2,0.97,2,female
 +54,2,-0.54,2,female
 +55,2,-0.55,2,female
 +56,2,-0.32,2,female
 +57,2,-2.09,2,female
 +58,2,-1.01,2,female
 +59,2,0.18,2,female
 +60,2,0.86,2,female
 +61,2,-1.47,2,female
 +62,2,0.41,2,female
 +63,1,-3.48,1,female
 +64,1,-1.7,1,female
 +65,1,0.65,1,female
 +66,1,2.21,1,female
 +67,2,0.96,2,female
 +68,2,-1.77,2,female
 +69,2,-0.04,2,female
 +70,2,0.66,0,female
 +71,2,1.39,2,female
 +72,1,1.4,1,female
 +73,1,2,1,female
 +74,2,2.16,2,female
 +75,1,-2,1,female
 +76,1,-1.19,1,female
 +77,1,-0.64,1,female
 +78,2,1.08,2,female
 +79,2,1.13,2,female
 +80,1,0.08,1,female
 +81,2,-0.89,2,female
 +82,1,-1.98,1,female
 +83,1,-1.7,0,female
 +84,1,-1.18,1,female
 +85,1,-1.12,1,female
 +86,2,-0.62,2,female
 +87,2,-1.12,2,female
 +88,2,-1.42,2,female
 diff --git a/bio/plink/preprocess/test/min.vcf b/bio/plink/preprocess/test/min.vcf
 new file mode 100644
 index 0000000..32f5247
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/test/min.vcf
 @@ -0,0 +1,87 @@
 +##fileformat=VCFv4.1
 +##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
 +##fileDate=20200403
 +##fileUTCtime=2020-04-03T13:51:41
 +##FILTER=<ID=NOCALL,Description="Generic filter. Filtering details stored in FR info tag.">
 +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
 +##INFO=<ID=HS,Number=0,Type=Flag,Description="Indicate it is at a hot spot">
 +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
 +##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
 +##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
 +##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
 +##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
 +##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the forward strand">
 +##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the reverse strand">
 +##INFO=<ID=FDP,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator read depth at the locus">
 +##INFO=<ID=FRO,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference allele observations">
 +##INFO=<ID=FAO,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations">
 +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency based on Flow Evaluator observation counts">
 +##INFO=<ID=FSRF,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference observations on the forward strand">
 +##INFO=<ID=FSRR,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference observations on the reverse strand">
 +##INFO=<ID=FSAF,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the forward strand">
 +##INFO=<ID=FSAR,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the reverse strand">
 +##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
 +##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
 +##INFO=<ID=HRUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
 +##INFO=<ID=MLLD,Number=A,Type=Float,Description="Mean log-likelihood delta per read.">
 +##INFO=<ID=FWDB,Number=A,Type=Float,Description="Forward strand bias in prediction.">
 +##INFO=<ID=REVB,Number=A,Type=Float,Description="Reverse strand bias in prediction.">
 +##INFO=<ID=REFB,Number=A,Type=Float,Description="Reference Hypothesis bias in prediction.">
 +##INFO=<ID=VARB,Number=A,Type=Float,Description="Variant Hypothesis bias in prediction.">
 +##INFO=<ID=STB,Number=A,Type=Float,Description="Strand bias in variant relative to reference.">
 +##INFO=<ID=STBP,Number=A,Type=Float,Description="Pval of Strand bias in variant relative to reference.">
 +##INFO=<ID=RBI,Number=A,Type=Float,Description="Distance of bias parameters from zero.">
 +##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="QualityByDepth as 4*QUAL/FDP (analogous to GATK)">
 +##INFO=<ID=FXX,Number=1,Type=Float,Description="Flow Evaluator failed read ratio">
 +##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=String,Description="Reason why the variant was filtered.">
 +##INFO=<ID=INFO,Number=.,Type=String,Description="Information about variant realignment and healing.">
 +##INFO=<ID=SSSB,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific strand bias for allele.">
 +##INFO=<ID=SSEN,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific-error prediction on negative strand.">
 +##INFO=<ID=SSEP,Number=A,Type=Float,Description="Strand-specific-error prediction on positive strand.">
 +##INFO=<ID=PB,Number=A,Type=Float,Description="Bias of relative variant position in reference reads versus variant reads. Equals Mann-Whitney U rho statistic P(Y>X)+0.5P(Y=X)">
 +##INFO=<ID=PBP,Number=A,Type=Float,Description="Pval of relative variant position in reference reads versus variant reads.  Related to GATK ReadPosRankSumTest">
 +##INFO=<ID=FDVR,Number=A,Type=Integer,Description="Level of Flow Disruption of the alternative allele versus reference.">
 +##INFO=<ID=OID,Number=.,Type=String,Description="List of original Hotspot IDs">
 +##INFO=<ID=OPOS,Number=.,Type=Integer,Description="List of original allele positions">
 +##INFO=<ID=OREF,Number=.,Type=String,Description="List of original reference bases">
 +##INFO=<ID=OALT,Number=.,Type=String,Description="List of original variant bases">
 +##INFO=<ID=OMAPALT,Number=.,Type=String,Description="Maps OID,OPOS,OREF,OALT entries to specific ALT alleles">
 +##INFO=<ID=UFR,Number=.,Type=String,Description="List of ALT alleles with Unexpected Filter thresholds">
 +##INFO=<ID=SUBSET,Number=A,Type=String,Description="1-based index in ALT list of genotyped allele(s) that are a strict superset">
 +##INFO=<ID=HS_ONLY,Number=1,Type=Integer,Description="Corresponding value from target file meta information">
 +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
 +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
 +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
 +##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
 +##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
 +##FORMAT=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
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 +##FORMAT=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observations on the forward strand">
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 +##FORMAT=<ID=FDP,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Read Depth">
 +##FORMAT=<ID=FRO,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Reference allele observation count">
 +##FORMAT=<ID=FAO,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observation count">
 +##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency based on Flow Evaluator observation counts">
 +##FORMAT=<ID=FSRF,Number=1,Type=Integer,Description="Flow Evaluator reference observations on the forward strand">
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 +##FORMAT=<ID=FSAF,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the forward strand">
 +##FORMAT=<ID=FSAR,Number=A,Type=Integer,Description="Flow Evaluator Alternate allele observations on the reverse strand">
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 +chr1	70453393	.	A	AC	15.704	PASS	AF=0.387755;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=49;FDVR=5;FR=.;FRO=30;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.036708;FXX=0;HRUN=0;HS_ONLY=0;LEN=1;MLLD=13.4029;OALT=C;OID=.;OMAPALT=AC;OPOS=70453394;OREF=-;PB=0.5;PBP=1;QD=1.28196;RBI=0.0555484;REFB=-0.129186;REVB=-0.0416911;RO=28;SAF=0;SAR=17;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.757994;STB=0.99898;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.145684	GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:15:49:49:28:30:17:19:0.387755:17:0:2:26:19:0:2:28	0/1:41:47:47:27:21:17:26:0.553191:17:0:3:24:26:0:3:18	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:19:58:58:37:38:17:20:0.344828:17:0:4:33:20:0:4:34	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
 +chr1	70453432	.	T	C	31.4643	PASS	AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FDVR=5;FR=.;FRO=28;FSAF=0;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=-0.0816045;FXX=0;HRUN=5;HS_ONLY=0;LEN=1;MLLD=91.8781;OALT=C;OID=.;OMAPALT=C;OPOS=70453432;OREF=T;PB=0.5;PBP=1;QD=2.79683;RBI=0.0819238;REFB=-0.00311202;REVB=-0.00722596;RO=27;SAF=0;SAR=17;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.756861;STB=0.998865;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0101111	GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	0/1:31:44:45:27:28:17:17:0.377778:17:0:1:26:17:0:2:26	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.	.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
 diff --git a/bio/plink/preprocess/wrapper.py b/bio/plink/preprocess/wrapper.py
 new file mode 100644
 index 0000000..fc98e2c
 --- /dev/null
 +++ b/bio/plink/preprocess/wrapper.py
 @@ -0,0 +1,69 @@
 +"""Snakemake wrapper for plink"""
 +
 +__author__ = "A.s."
 +__copyright__ = "Copyright 2020, A.s."
 +__email__ = "[email protected]"
 +__license__ = "MIT"
 +
 +from snakemake.shell import shell
 +import pandas as pd
 +
 +
 +def get_prefix_4(pathList):
 +    basenames = [x[:-4] for x in pathList]
 +    if not all(x == basenames[0] for x in basenames):
 +        raise Exception(
 +            "Something went wrong between output basenames. Keep multiext() please!"
 +        )
 +    return basenames[0]
 +
 +
 +log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
 +prefix = get_prefix_4(snakemake.output)
 +extra_recode = snakemake.params.get("extra_recode", "")
 +extra_file = snakemake.params.get("extra_file", "")
 +miss = snakemake.params.get("missing_code", "-9")
 +pheno_column = snakemake.params.get("phenotype_column_name", "")
 +sex_column = snakemake.params.get("sex_column_name", "")
 +male_code = snakemake.params.get("sex_male_code", "")
 +female_code = snakemake.params.get("sex_female_code", "")
 +covariables = snakemake.params.get("covariables", "")
 +
 +if "tab" in extra_recode:
 +    raise Exception(
 +        "Sorry, data files must use space separator."
 +        "Please avoid using 'tab' extra option at recode."
 +    )
 +
 +shell(
 +    "(plink --vcf {snakemake.input.vcf}"
 +    " --recode {extra_recode} --out {prefix} \n"
 +    "plink --file {prefix} {extra_file} --make-just-fam --out {prefix} \n"
 +    "rm {prefix}.nosex)"
 +    " {log}"
 +)
 +
 +
 +csv = pd.read_csv(snakemake.input.csv)
 +ped = pd.read_table(f"{prefix}.ped", sep=" ", header=None)
 +fam = pd.read_table(f"{prefix}.fam", sep=" ", header=None)
 +
 +fam[4] = csv[sex_column].map({male_code: 1, female_code: 2})
 +fam[5] = csv[pheno_column]
 +ped[list(range(6))] = fam
 +
 +fam.to_csv(f"{prefix}.fam", sep=" ", na_rep=miss, header=False, index=False)
 +ped.to_csv(f"{prefix}.ped", sep=" ", na_rep=miss, header=False, index=False)
 +
 +if len(covariables) > 0:
 +    cov_columns = [fam[0], fam[1]]
 +    for c in covariables:
 +        cov_columns += [csv[c]]
 +    cov = pd.concat(cov_columns, ignore_index=True, axis=1)
 +    cov.to_csv(
 +        f"{prefix}.cov",
 +        sep=" ",
 +        na_rep=miss,
 +        header=["FID", "IID"] + covariables,
 +        index=False,
 +    )
 diff --git a/test.py b/test.py
 index 338579d..14b3638 100644
 --- a/test.py
 +++ b/test.py
 @@ -125,6 +125,50 @@ def run(wrapper, cmd, check_log=None):
             os.chdir(origdir)
 
 
 +@skip_if_not_modified
 +def test_plink_preprocess():
 +   run(
 +       "bio/plink/preprocess",
 +       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.map"],
 +   )
 +
 +
 +@skip_if_not_modified
 +def test_plink_assoc():
 +    run(
 +        "bio/plink/assoc",
 +        ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.fisher"],
 +    )
 +    run(
 +        "bio/plink/assoc",
 +        ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkQdata.assoc"],
 +    )
 +
 +
 +@skip_if_not_modified
 +def test_plink_model():
 +   run(
 +       "bio/plink/model",
 +       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.model"],
 +   )
 +
 +
 +@skip_if_not_modified
 +def test_plink_logistic():
 +   run(
 +       "bio/plink/logistic",
 +       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.logistic"],
 +   )
 +
 +
 +@skip_if_not_modified
 +def test_plink_linear():
 +   run(
 +       "bio/plink/linear",
 +       ["snakemake", "--cores", "1", "--use-conda", "plinkdata.assoc.linear"],
 +   )
 +
 +
 @skip_if_not_modified