Um script basico para gerar um md5 de arquivos e compara-los

md5Filecompare.ps1

Param (
    $FirstFile = $(throw "Um primeiro arquivo eh requerido"), 
    $SecondFile = $(throw "Um segundo arquivo eh requerido")
)

function md5hash($path)
{
    $md5 = new-object -TypeName System.Security.Cryptography.MD5CryptoServiceProvider
    $file = [System.IO.File]::Open($path,[System.IO.Filemode]::Open, [System.IO.FileAccess]::Read)
    try {
        Return [System.BitConverter]::ToString($md5.ComputeHash($file))
    } finally {
        $file.Dispose()
    }
}

$a = md5hash($FirstFile)
$b = md5hash($SecondFile)

If ($a -eq $b)
{
	Write-Host 'OK'
}
Else
{
	Write-Host 'NOK'
}