_Dendrosenecio_ molecular phylogeny (chloroplast genome)

00_README.md

Dendrosenecio quick chloroplast phylogeny

Method

1. obtain sequences

NCBI nuccore search term:

(("Dendrosenecio"[Organism] OR dendrosenecio[All Fields]) AND chloroplast[All Fields]) AND ("150000"[SLEN] : "200000"[SLEN])

20 results from 9 species.

Filter out result 20 - the strangely chloroplast genome-length mitochondrial sequence (UNVERIFIED: Dendrosenecio brassiciformis mitochondrion sequence).

2. quick align with mafft, then NJ tree

Use mafft online phylogeny tools to convert the alingment to tree

mafft --thread 6 --threadtb 5 --threadit 0 --reorder --leavegappyregion --kimura 1 --auto dendrosenecio.fa > dendrosenecio.mafft.fa

3. visualise with Archaeopteryx

Dendrosenecio_19samples.fasta

Dendrosenecio_19samples.nh.xml

Dendrosenecio_19samples.png

Dendrosenecio_19samples.aln

CLUSTAL format alignment by MAFFT (v7.474)


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