control-checkbox-multiple.js

jQuery( document ).ready( function($) {

    $( '.customize-control-checkbox-multiple > ul' ).sortable({
        handle: '.dashicons-menu',
        axis: 'y',
        stop: function( event, ui ) {
            checkbox_values = $( this ).parents( '.customize-control' ).find( 'input[type="checkbox"]:checked' ).map(
                function() {
                    return this.value;
                }
            ).get().join( ',' );

            $( this ).parents( '.customize-control' ).find( 'input[type="text"]' ).val( checkbox_values ).trigger( 'change' );
        }
    });

    /* === Checkbox Multiple Control === */

    $( '.customize-control-checkbox-multiple input[type="checkbox"]' ).on(
        'change',
        function() {

            checkbox_values = $( this ).parents( '.customize-control' ).find( 'input[type="checkbox"]:checked' ).map(
                function() {
                    return this.value;
                }
            ).get().join( ',' );

            $( this ).parents( '.customize-control' ).find( 'input[type="checkbox"]' ).val( checkbox_values ).trigger( 'change' );
        }
    );

} ); // $( document ).ready