Excluir categorias da homepage.

functions.php

<?php
/**
 * Excluir categorias da homepage.
 *
 * @param  object $query  Query padrão.
 *
 * @return object         Query sem algumas categorias.
 */
function cs_homepage_loop( $query ) {
    // Funciona apenas na home.
    if ( is_home() || is_home() && is_paged() ) {
        // Aqui você deve determinar o ID da categoria ou categorias que você quer excluir.
        // Elas precisam ter o sinal de menos (-) e o ID
        // Exemplo de como excluir mais de uma categoria: '-3, -5, -9'
        $query->set( 'cat', '-24' );
        return;
    }
}

add_filter( 'pre_get_posts', 'cs_homepage_loop' );