From http://www.farinspace.com/show-hide-meta-box-by-category/

hide_metabox_by_category.js

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    jQuery(function($)
    {
        function my_check_categories()
        {
            $('#_custom_meta_metabox').hide();
 
            $('#categorychecklist input[type="checkbox"]').each(function(i,e)
            {
                var id = $(this).attr('id').match(/-([0-9]*)$/i);
 
                id = (id && id[1]) ? parseInt(id[1]) : null ;
 
                if ($.inArray(id, [4,3]) > -1 && $(this).is(':checked'))
                {
                    $('#_custom_meta_metabox').show();
                }
            });
        }
 
        $('#categorychecklist input[type="checkbox"]').live('click', my_check_categories);
 
        my_check_categories();
    });
 
//]]>
</script>