gistfile1.cs

public class AccountMapperProfile : Profile {
    public override void Configure() {
        CreateMap<DomainEntity, DtoEntity>();
        // NOTE: El resto de mapeos en esta unidad lógica....
    }
}

//.... Luego en mi sistema
public class SampleController {
   public SampleController(IMappingEngine mapper) {
   }
}

// ... En mi caso uso una facility de Windsor, pero lo mismo se podría logar con cualquier otro IoC