SAM/BAM tricks

sam_bam_tricks.sh

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# Convert Sam to Bam with a header:
# -b output bam
# -S input sam
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samtools view -bS sample.sam > sample.bam

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# convert Sam to Bam without a header
# -b output bam
# -t input sam without header
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samtools faidx ref.fa   # ref.fa is the fasta of reference genome
samtools view -bt ref.fa.fai aln.sam > aln.bam   # convert

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# Convert between string and integer flag in sam file
# -X output flag in string format
# -x output flag in integer format
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samtools view -X -S in.sam > out.sam

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# Convert tophat bam to sam with string flag and unique reads
# -h include header
# -X string flag
# -q 255 unique reads
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samtools view -hX -q 255 -o unique.sam accepted_hits.bam


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# Sort bam file by name
# -n sort by read name
# -o for stdout
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samtools sort -n sample.bam outfile 

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# Get unique and properly paired reads from paired-end bam
# -hX include header and string flag
# -q 255 unique mapped reads
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samtools view -hX -q 255 accepted_hits.bam | awk -F"\t" '$1~/^@/ || $2~/P/' > unique.properly_paired.sam

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# Convert name sorted bam file to bed or bedpe
# -i input file or stdin
# -bedpe paired-end bam
# -split use N cigar
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bamToBed -i infile -bedpe -split > sample.bed


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# Sort bed file by position
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bedSort <in.bed> <out.bed>

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# Make normalized wig file from sam file
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samtools view -bh -S Ot2119-75nt/unique.Ot2119.75nt.sam | genomeCoverageBed -ibam stdin -bg -split | python2.7 normalized_wig.py 6.9 wig/Ot2119.75nt.normalized.wig


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# Convert gtf file to bed file
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# gtfToGenePred is from ucsc binaries:
# gtfToGenePred <in.gtf> <out.genepred>
#
# genePredToBed is a perl script taking from a ucsc person post:
# <out.genepred> | genePredToBed > <out.bed>
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./gtfToGenePred sample.gtf stdout | ./genePredToBed > sample.bed