Calculando que os produtos terão custo de envio de 3 em 3 unidades.

Frete Fácil

/**
 * calculates total value from quote
 * 
 * @return int|float
 */
    public function getShippingPrice() {
        /**
         * get quote items
         */
        $items = Mage::getSingleton('checkout/cart')->getItems();
        
        $sumTotal = 0;
        $sumMax = 0;
        $control = 3;

        if($items){
            foreach ($items as $item){
                /**
                 * calculate price by items
                 */
                $priceByItem = $this->calculate($item);

                if($sumMax < $priceByItem) {
                    $sumMax = $priceByItem;
                }

                if($control%3 == 2) {
                    $sumTotal += $sumMax;
                    $sumMax = 0;
                }
                $control += 1;
            }
        }
        
        return $sumTotal;
    }

}