Formato que funcionou perfeitamente no Webpack para usar o Jquery dentro do Vue. Tudo isso para funcionar um modal do Bootstrap em um protótipo.

main.js

/**
 * Importando o JQuery e Tether para o Bootstrap 4
 * 
 * Webpack
 * VueJS
 * 
 * Não use em produção.
 * 
 * @author Gabriel Bertola Bocca <gabriel at estudiodigitalbocca.com.br>
 * @copyright (c) 2016, Estúdio Digital Bocca
 * @version v0.1
 */

import Vue from 'vue'
import App from './App'

//Dependências do bootstrap
window.jQuery = window.$ =  require('jquery/dist/jquery.min')
window.Tether = require('tether/dist/js/tether.min')
//Bootstrap JS e CSS
require('bootstrap/dist/js/bootstrap.min')
require('bootstrap/dist/css/bootstrap.min.css')

/**
 * OBS: Esta implementação corrigiu os seguintes erros:
 * 
 * ReferenceError: assignment to undeclared variable jQuery
 * Error: Bootstrap's JavaScript requires jQuery
 * Error: Bootstrap tooltips require Tether (http://github.hubspot.com/tether/)
 * 
 * Entre outros como tela branca sem mostrar nenhum erro e etc...
 * 
 * Não sei se é a melhor forma de resolver esse problema,
 * mas foi a única que funcionou até agora.
 * 
 * Se souber uma solução mais "elegante", ou souber o erro que estou cometendo: Me informe.
 * 
 * Obrigado.
 * 
 */

new Vue({
  el: 'body',
  components: { App }
})