japh2.pl

#!/usr/local/bin/perl

$ _=
 qq
.CG
T--A
A---T
A----T
 C----G
  T----A
   A---T
    G--C
     CG
     CG
    C--G
   G---C
  G----C
 C----G
A----T
C---G
G--C
 AT
 CG
A--T
A---T
G----C
 A----T
  G----C
   C---G
    A--T
     GC
     CG
    G--C
   A---T
  G----C
 G----C
G----C
A---T
T--A
 AT
 CG
T--A
C---G
A----T
 A----T
  G----C
   A---T
    A--T
     CG
     TA
    T--A
   G---C
  G----C
 C----G
A----T
C---G
G--C
 CG
 TA
T--A
C---G
T----A
 C----G
  A----T
   C---G
    G--C
     GC
     TA
    G--C
   C---G
  G----C
 G----C
G----C
A---T
T--A
 CG
 AT
G--C
A---T
A----T
 C----G
  C----G
   A---T
    A--T
     CG
     CG
    G--C
   G---C
  G----C
 A----T
T----A
C---G
G--C
 CG
 TA
A--T
A---T
G----C
 A----T
  A----T
   C---G
    A--T
     GC
     TA
    G--C
   C---G
  T----A
 G----C
G----C
C---G
T--A
 AT
 CG
G--C
G---C
T----A
 C----G
  G----C
   C---G
    C--G
     CG
     AT
    T--A
   C---G
  G----C
 G----C
A----T
T---A
G--C
 CG
 TA
G--C
A---T
G----C
 A----T
  G----C
  .;@_{A
    => C
     =>
     G=>
    T=>}
   =0..3
  ;s;. *
 (\w).*
(\w).*
\n;$_
{ $-
 ++
 /9
%2?$
2:$ 1
};gex;
 s;(.)(
  .)(.)(.
   );chr
    64*$
     1+
     16
    *$2+
   4  *$
  3   +$
 4 ;gex
; eval