Naoya Oishi dogrunjp

macで、JUMAN++をPythonのpyenv環境で使うための設定

JUMAN++をインストール

$ brew install jumanpp
$ jumanpp -v  # 確認
JUMAN++ 1.02

KNPもHomebrewでインストール。

javascriptでd3-requestのような非同期処理の完了を待って、フィルターした返り値をreturnするfunctionを書く方法

インタラクションで取得した値を引数にAPIから何か結果を得て処理を進める想定のスクリプトです。

まず、リソースを呼び出し、返った値でUIを操作する関数がこんな感じだとすると、、、、

function show_friend_map(d){
    get_friend(d).then(function(r){

d3.request(endpoint + query)
  .header('Accept', 'application/sparql-results+json')
  .response(function(xhr){return JSON.parse(xhr.responseText)})
  .get(callback);

d3/d3-request

最も簡単な方法（だけどカラムの順番は調整できない）

d3.select("table.glist tbody").selectAll("tr").data(g_infs)
    .enter().append("tr")
    .selectAll("td").data(function(r){return d3.values(r)})
    .enter().append("td")
    .text(function(d){return d});

XML parsing from SPARQL endpoint with javascript ES6

NodeList has no map method, forEach method, so it's boring to parsing xml type dataset in js.

if Chrome...

if Chrome forEach method is OK

elements = xmlRoot.querySelectorAll('result');
elements.forEach(function(x){

PGXコンソールでedgeのパラメータをフィルターしたsubgraphを出力するサンプルスクリプト

subgraph作成

tsvデータを読み込む用の設定 : sample_for_pgx.tsv.json

{
  "uri": "sample_for_pgx.tsv"
, "format": "edge_list"
, "node_id_type": "string"

	import csv

	csv.field_size_limit(1000000000)

	with open("sra_edge_list.tsv", "w") as out_f:
	writer = csv.writer(out_f, delimiter="\t")
	with open("SRA_Accessions.tab", "r") as input_f:
	reader = csv.reader(input_f, delimiter="\t")
	reader.next()
	for l in reader:

	import urllib.request
	import urllib.parse

	data = urllib.parse.quote('''
	PREFIX refexo: <http://purl.jp/bio/01/refexo#>
	PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
	PREFIX refexs: <http://refex.dbcls.jp/sample/>
	SELECT DISTINCT ?organism
	WHERE {
	refexs:RES00000003 refexo:organism ?organism .

	from datetime import datetime
	import fire

	dfm = '%Y/%m/%d'
	today = datetime.today()
	basedate = datetime.strptime("2017/03/31", dfm)

	class March(object):
	def day(self, td=today):
	delta = td - basedate

	import unittest
	import app
	import os
	from webtest import TestApp

	os.environ['WEBTEST_TARGET_URL'] = 'http://localhost:8080'
	app = TestApp(app)


	class ApiTest(unittest.TestCase):