dspy extraction concepte médicaux avec contexte

dspy_extract_maladie.py

import dspy
from pydantic import BaseModel, Field

lm = dspy.LM("ollama_chat/deepseek-r1:14b", api_base="http://localhost:11434", api_key="")
dspy.configure(lm=lm)

class Maladie(BaseModel):
    """
    Une maladie associé à son contexte. 
    Si la maladie est dans une négation ou dans un antécédant familliale.
    """

    nom: str  = Field(description="Nom de la maladie ou du syndrome")
    negation: bool = Field(desciption="Vrai si la maladie est dans une négation")
    famille: bool = Field(description="Vrai si la maladie est présent dans la famille")


class MaladieDetectionSignature(dspy.Signature):
    """
    Extraction des maladies à partir d'un compte-rendu clinique. 
    """
    text : str = dspy.InputField(desc="Un compte-rendu clinique")
    maladies : list[Maladie] = dspy.OutputField(desc="Une liste de maladie extraite depuis le compte-rendu")



model = dspy.ChainOfThought(MaladieDetectionSignature)

text = """
J'ai vu en consultation Mr Claude pour une endocardite compliqué d'une septicémie.
Ce patient n'a pas de diabète ni d'hypertension arterielle. Son père à eu un infarctus du myocarde. 
"""

maladies = model(text=text).maladies

for m in maladies:
    print(m.json())