index.php

<?php

// PSR-12
// где phpdoc?
class Database
{
    static private $instance = null;
    
    private $connect;
    private $config;
    private $host;
    // они тебе не нужны. ты все равно их не используешь.
    private $login;
    private $password;
    private $db;

    private $sql;
    private $stmt;
    private $result;
    private $types = [];
    private $params = [];

    // public static function
    static public function getInstance(): Database
    {
        
        // if(self::$instance === null)
        if (empty(self::$instance)) {
            self::$instance = new self();
            self::$instance->connection();
        }

        return self::$instance;
    }
    
    // почему тут void ? 
    public function query(string $sql, array $types = [], array $params = []): void
    {
        $this->sql = $sql;
        $this->types = $types;
        // наркомания. передавай на прямую в функцию check_types
        $this->params = $params;

        $numberParams = count($this->params);
        $numberTypes = count($this->types);

        try {
            if ($numberParams != $numberTypes) {
                // глобальные исключения выкидывать зло. создай свое исключение
                throw new Exception("Number of parameters and types not match");
            }
            if (!$this->check_types()) {
                throw new Exception("Types error");
            }

            $this->stmt = $this->connect->prepare($this->sql);

            // If parameters more then 0
            // Запрос "select * from users" может быть без параметров
            if (!empty($numberParams)) {
                if (!$this->bind_params()) {
                    // ошибки не понятны совершенно
                    throw new Exception("Bind error");
                }
            }

            $this->stmt->execute();
            
            $this->result = $this->stmt->get_result();

            if ($this->result->num_rows > 0) {
                $this->result = $this->result->fetch_all(MYSQLI_ASSOC);
            }

            $this->stmt->close();

        } catch (Exception $e) {
            // в коде так делать плохо. если это не контроллеры, и т.д
            printf("Error: %s", $e->getMessage());

            if (!empty($this->stmt)) {
                $this->stmt->close();
            }
        }
    }

    public function getResult()
    {
        // бесполезная фигня. лучше сразу возращай результат в query
        return $this->result;
    }
    
    // bindParams
    private function bind_params(): bool
    {
        if (empty($this->stmt)) {
            // уже писал про это
            printf("Statement not exist");
            return false;
        }

        $typesString = '';
        // тупой хак и не понятно он зачем ?
        $args = array(&$typesString);
        $count = count($this->params);

        for ($i = 0; $i < $count; $i++) {
            $typesString .= $this->types[$i];
            $args[] = &$this->params[$i]; // & - от этого избавляйся.
        }

        call_user_func_array(array($this->stmt, 'bind_param'), $args);

        if ($this->stmt->error) {
            return false;
        }

        return true;
    }

    // checkTypes
    private function check_types(): bool
    {
        foreach ($this->types as $item) {
            // s, i, d, b в константы бы
            if ($item !== 's' && $item !== 'i' && $item !== 'd' && $item !== 'b') {
                return false;
            }
        }

        return true;
    }

    private function connection()
    {
        // в отдельный это класс DatabaseConfiguration
        // зачем тут $this->config ты его не юзаешь
        $this->config = require __DIR__ . '/../config/db.php';
        $this->host = $this->config['mysql']['host'];
        $this->login = $this->config['mysql']['login'];
        $this->password = $this->config['mysql']['password'];
        $this->db = $this->config['mysql']['db'];

        $this->connect = new mysqli($this->host, $this->login, $this->password, $this->db);

        if ($this->connect->connect_errno) {
            // Исключения где 
            printf("Connection database error: %s", $this->connect->connect_errno);
        }
    }

    public function close()
    {
        unset($this->connect);
    }

    private function __clone()
    {
    }

    private function __wakeup()
    {
    }

    private function __construct()
    {
    }
}