Overwrite Layouts when current theme is being used.

liferay-look-and-feel.xml

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE look-and-feel PUBLIC "-//Liferay//DTD Look and Feel 6.0.0//EN" "http://www.liferay.com/dtd/liferay-look-andfeel_6_0_0.dtd">

<look-and-feel>
	<compatibility>
		<version>6.0.0+</version>
	</compatibility>
	<theme id="foo" name="Foo Theme">
		<settings>
			<setting key="portlet-setup-show-borders-default" value="false"></setting>
		</settings>
		<layout-templates>
			<standard>
				<layout-template id="exclusive">
					<template-path>/layouttpl/standard/exclusive.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/standard/exclusive.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/standard/exclusive.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="max">
					<template-path>/layouttpl/standard/max.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/standard/max.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/standard/max.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="pop_up">
					<template-path>/layouttpl/standard/pop_up.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/standard/pop_up.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/standard/pop_up.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
			</standard>
			<custom>
				<layout-template id="1_column" name="1 Column">
					<template-path>/layouttpl/custom/1_column.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/1_column.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/1_column.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="2_columns_i" name="2 Columns (50/50)">
					<template-path>/layouttpl/custom/2_columns_i.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/2_columns_i.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/2_columns_i.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="2_columns_ii" name="2 Columns (30/70)">
					<template-path>/layouttpl/custom/2_columns_ii.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/2_columns_ii.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/2_columns_ii.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="2_columns_iii" name="2 Columns (70/30)">
					<template-path>/layouttpl/custom/2_columns_iii.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/2_columns_iii.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/2_columns_iii.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="3_columns" name="3 Columns">
					<template-path>/layouttpl/custom/3_columns.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/3_columns.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/3_columns.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="1_2_columns_i" name="1-2 Columns (30/70)">
					<template-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_i.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_i.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_i.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="1_2_columns_ii" name="1-2 Columns (70/30)">
					<template-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_ii.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_ii.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/1_2_columns_ii.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="1_2_1_columns" name="1-2-1 Columns">
					<template-path>/layouttpl/custom/1_2_1_columns.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/1_2_1_columns.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/1_2_1_columns.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
				<layout-template id="2_2_columns" name="2-2 Columns">
					<template-path>/layouttpl/custom/2_2_columns.tpl</template-path>
					<wap-template-path>/layouttpl/custom/2_2_columns.wap.tpl</wap-template-path>
					<thumbnail-path>/layouttpl/custom/2_2_columns.png</thumbnail-path>
				</layout-template>
			</custom>
		</layout-templates>
	</theme>
</look-and-feel>