Asignatura Biogeografía, GEO131, UASD, semestre 2016-02. Prácticas 10. Matriz abundancia, matriz comunidad, matriz ambiental, indices diversidad, mapa en R

BIO-131 SEM-2016-02 Practica 10.R

###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=OHdJ3m3QUuQ
###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
#MATRIZ DE ABUNDANCIA, MATRIZ DE COMUNIDAD, MATRIZ AMBIENTAL, INDICES DE DIVERSIDAD, MAPA

library(vegan)
library(BiodiversityR)
library(reshape2)
library(stringr)
library(sp)
library(plotGoogleMaps)
library(plotKML)

#MATRIZ DE ABUNDANCIA
d <- read.csv("http://www.geografiafisica.org/sem_2016_02/geo131/datos/he/he_ma.csv")
str(d)
head(d)

#RESUMEN DE RIQUEZA GENERAL, RIQUEZA POR GENEROS, ABUNDANCIA POR ESPECIE, ABUNDANCIA POR GENEROS
gendcesp <- word(unique(d$ESPECIE),1, sep=' ' )
gendcesp
genriq <- sort(table(gendcesp), decreasing = T)
genriq
gendcind <- word(d$ESPECIE,1, sep=' ' )
gendcind
genabun <- sort(table(gendcind), decreasing = T)
genabun

#MATRIZ DE COMUNIDAD A PARTIR DE LA DE ABUNDANCIA
d.mc <- dcast(d, ID~ESPECIE, fun.aggregate=length,  value.var = 'ESPECIE')
d.mc
rownames(d.mc) <- d.mc[,1]
d.mc <- d.mc[,-1]
str(d.mc)

#MATRIZ AMBIENTAL
d.env <- read.csv("http://www.geografiafisica.org/sem_2016_02/geo131/datos/he/he_env.csv")
d.env
str(d.env)

#VERIFICACION DE INTEGRIDAD DE LOS DATOS
table(d$ID) #FRECUENCIAS DE PARCELAS DESDE LA MATRIZ DE ABUNDANCIA. EL RESULTADO CORRESPONDE A LA ABUNDANCIA POR TRANSECTO, DADO QUE CADA FILA ES UN INDIVIDUO
rownames(d.mc)
table(d.env$ID) #CONTEO DE FRECUENCIAS DE PARCELAS DESDE LA MATRIZ AMBIENTAL. EL RESULTADO DEBERIA SER 1 EN CADA CASO, DADO QUE CADA FILA ES UN TRANSECTO
length(table(d$ID)) #NUMERO DE PARCELAS UNICAS EN LA MATRIZ DE ABUNDANCIA. EL TOTAL DEBERIA SER EQUIVALENTE AL NUMERO DE TRANSECTOS
length(table(d.env$ID)) #NUMERO DE PARCELAS UNICAS EN LA MATRIZ AMBIENTAL.  EL TOTAL DEBERIA SER EQUIVALENTE AL NUMERO DE TRANSECTOS
nrow(d.mc)
merge(as.data.frame(table(d.env$ID)),as.data.frame(table(d$ID)),by = 'Var1', all = T) #ESTA UNION DEBE MOSTRAR UN NUMERO SIMILAR DE ENTRADAS ENTRE FUENTES. NO DEBEN APARECER "NA" EN NINGUN CASO. LA COLUMNA "Freq.x" INDICA EL NUMERO DE VECES QUE APARECE EL NOMBRE DE UN TRANSECTO EN LA MATRIZ AMBIENTAL. LA COLUMNA "Freq.y" INDICA EL NUMERO DE VECES QUE APARECE EL NOMBRE DE UN TRANSECTO EN LA MATRIZ DE ABUNDANCIA
merge(as.data.frame(table(d.env$ID)),as.data.frame(table(rownames(d.mc))),by = 'Var1', all = T) #IDEM, PERO PONE EN RELACION LAS MATRICES AMBIENTAL Y DE COMUNIDAD
d.env$ID==rownames(d.mc)

#DESDE MATRIZ AMBIENTAL. RIQUEZA Y ABUNDANCIA. SIN ADJUNTAR RESULTADOS A MATRIZ AMBIENTAL
specnumber(d.mc) #RIQUEZA POR TRANSECTO
sort(specnumber(d.mc), decreasing = T)
specnumber(colSums(d.mc)) #RIQUEZA TOTAL
sort(colSums(d.mc), decreasing = T) #ABUNDANCIA POR ESPECIE
rowSums(d.mc) #ABUNDANCIA POR TRANSECTO
sort(rowSums(d.mc), decreasing = T)

#INDICES. ADJUNTAR A MATRIZ AMBIENTAL
diversity(d.mc)
diversityresult(d.mc,index='Shannon',method='s')
diversityresult(d.mc,index='Shannon',method='s', digits = 4)
diversityresult(d.mc,index='Shannon',method='s', digits = 4, sortit = T)
diversityresult(d.mc,index='Shannon',method='all', digits = 4)
indices <- cbind(ID=rownames(d.mc),as.data.frame(sapply(c("richness","abundance","Shannon","Simpson","inverseSimpson","Logalpha","Berger","Jevenness","Eevenness" ),function(x) diversityresult(d.mc,index=x,method='s', digits = 4))))
indices
colnames(indices)[2:ncol(indices)] <- c('riqueza','abundancia','Shannon','Gini-Simpson','inverso de Simpson','Fisher-alpha o Logalpha','Berger-Parker','equidad de Pielou o J-evenness','equidad de Buzas-Gibson o E-evenness')
indices

#UNIENDO A MATRIZ AMBIENTAL
d.env <- merge(d.env, indices)
d.env

#MAPA
d.env.sp <- d.env[,c('ID','x','y')]
d.env.sp
coordinates(d.env.sp) <- ~x+y #CONVIERTE A UN OBJETO ESPACIAL
d.env.sp
proj4string(d.env.sp) <- CRS("+init=epsg:32619") #ASIGNA EL SISTEMA DE REFERENCIA DE COORDENADAS EPSG:32619
d.env.sp
dev.new(); spplot(d.env.sp,"ID") #DESPLIEGA UN MAPA MUDO SEGUN LA PALETA DE COLORES POR DEFECTO
plotGoogleMaps(d.env.sp,iconMarker='',zcol="ID","d.env.sp.html") #ARCHIVO html EN EL DIRECTORIO DE TRABAJO. EL ARCHIVO html CREADO SE ABRIR? AUTOM?TICAMENTE EN UNA VENTANA DEL NAVEGADOR PREDETERMINADO
plotKML(d.env.sp) #KML EN DIRECTORIO DE TRABAJO

###FIN VIDEO