geofis’s gists

geofis / boxplot_in_R_with_graphics_package.R

Last active February 12, 2023 04:31

Making a boxplot in R with graphics package

	#Making a boxplot in R

	#Set working directory
	# setwd() #Choose a folder that you can locate
	setwd(tempdir()) #Let R set a folder for you. Locate it with getwd()
	getwd() #Show folder

	#Read the data
	urldatos <- 'http://www.geografiafisica.org/sem201901/geo112/datos_campo_201901/'
	clastosatr <- read.csv(

geofis / GBIF data intersected with Dominican Republic protected areas

Created January 14, 2019 16:20

gbif_protected_areas_DR

	#Packages
	library(wdpar)
	library(tidyverse)
	library(ggmap)
	library(rgbif)

	#Protected areas. Source: https://protectedplanet.net/
	padr <- wdpa_fetch(
	'Dominican Republic',
	wait = T,

geofis / leertransformardatosonamet.R

Created May 24, 2018 16:21

Leer y transformar datos de ONAMET

	library(readxl)
	library(stringr)
	library(reshape2)
	library(tidyr)
	library(dplyr)
	library(lubridate)

	#FUNCION EXTRAER NUMEROS
	numextract <- function(string){
	str_extract(string, "\\-\\d+\\.\\d*")

geofis / BIO-131 SEM-2016-02 Practica 13.R

Created July 19, 2017 14:43

Asignatura Biogeografía, GEO131, UASD, semestre 2016-02. Practicas 13. Análisis de riqueza, correlación y diversidad con muestreos de aves

	###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=PXPtV9G3yU4
	###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
	#PAQUETES ----
	library(reshape2)
	library(vegan)
	library(fossil)
	library(ggplot2)
	library(raster)
	library(dplyr)
	library(tidyr)

geofis / wordcloud.R

Created March 12, 2017 16:40

Wordcloud of RBloggers Twitter account

	#REF: https://cran.r-project.org/web/packages/wordcloud2/vignettes/wordcloud.html
	#INSPIRED BY: http://www.masalmon.eu/2017/02/28/rbloggerstweets/

	#PACKAGES
	library(rtweet)
	library(dplyr)
	library(tidytext)
	library(rcorpora)
	library(wordcloud2)

geofis / aapp_hansen.R

Created February 7, 2017 12:59

Áreas protegidas que han perdido bosque entre 2000 y 2015

	#CARGA DE PAQUETES
	library(rgdal)
	library(gdalUtils)
	library(raster)
	library(rgeos)
	library(sp)
	library(dplyr)
	library(tidyr)
	library(reshape2)

geofis / cursoRposcongresobiodiv.R

Created February 6, 2017 05:12

IX Congreso de la Biodiversidad Caribeña, curso poscongreso: Introducción al análisis de biodiversidad aplicado con R

	###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=GrSRoZHDI6A
	###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
	#OPERACIONES BASICAS SIN DATOS EXTERNOS
	2+2 #REALIZA Y MUESTRA UNA SUMA
	s <- 2 + 2 #REALIZA UNA SUMA Y LA ASIGNA AL VECTOR s
	c(1,2,3,4,5) #MUESTRA UN VECTOR
	v <- c(1,2,3,4,5) #CREA UN VECTOR, PERO LO ASIGNA AL OBJETO v
	ls() #MUESTRA LOS OBJETOS CREADOS. EN PRINCIPIO, SI NO HAY SESIONES PREVIAS RESTAURADAS, SÓLO DEBERÍAN APARECER c Y v
	s + v #MUESTRA LA SUMA LOS OBJETOS s Y v
	1:10 #MUESTRA UNA SECUENCIA DE NUMEROS DEL 1 AL 10, DE 1 EN 1

geofis / BIO-131 SEM-2016-02 Practica 12b.R

Created January 17, 2017 01:37

Asignatura Biogeografía, GEO131, UASD, semestre 2016-02. Prácticas 12b. Introducción a la medición biodiversidad (práctico, desarrollo de script de R)

	###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=XeB3ddTSi-o
	###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
	###INTRODUCCION A LA MEDICION DE LA BIODIVERSIDAD. BIOGEOGRAFIA, GEO-131
	#SOBRE SELECCION DE 20 SITIOS (HAY UNA SELECCION PARA CADA ALUMNA) DE LA MATRIZ DE INDIVIDUOS DE SITIOS DE GENTRY...,
	#...REALIZAR ANALISIS EXPLORATORIO SOBRE LA MATRIZ DE INDIVIDUOS Y MEDICIONES DE BIODIVERSIDAD

	#GUION ORIENTATIVO (NO LIMITATIVO):
	## SOBRE LOS DATOS GENERALES DEL CONJUNTO DE SITIOS DE GENTRY
	### NUMERO DE REGISTROS (INDIVIDUOS) Y COLUMNAS DISPONIBLES EN LA MATRIZ DE INDIVIDUOS GENERAL. TABLAS DE FRECUENCIAS EN CADA CASO
	### NUMERO DE REGISTROS (SITIOS) Y COLUMNAS DISPONIBLES EN LA MATRIZ AMBIENTAL GENERAL. TABLAS DE FRECUENCIAS EN CADA CASO

geofis / BIO-131 SEM-2016-02 Practica 11.R

Created January 17, 2017 01:30

Asignatura Biogeografía, GEO131, UASD, semestre 2016-02. Prácticas 11. Análisis de correlación y regresion linea univariada con R

	###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=GrSRoZHDI6A
	###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
	#ANALISIS DE CORRELACION Y REGRESION UNIVARIADA

	#FIJAR EL DIRECTORIO DE TRABAJO TEMPORAL
	setwd(tempdir())

	#LECTURA DE DATOS FUENTE DE INDIVIDUOS DE Anolis distichus, DE LISSETTE RODRIGUEZ, CAMPUS UASD
	d <- read.csv('http://www.geografiafisica.org/sem_2016_02/geo131/datos/alumnas/datos%20de%20campo%20todos.csv')
	d$Q <- factor(d$Q)

geofis / BIO-131 SEM-2016-02 Practica 10.R

Last active July 5, 2017 08:52

Asignatura Biogeografía, GEO131, UASD, semestre 2016-02. Prácticas 10. Matriz abundancia, matriz comunidad, matriz ambiental, indices diversidad, mapa en R

	###INICIO VIDEO: https://www.youtube.com/watch?v=OHdJ3m3QUuQ
	###LISTA DE REPRODUCCION: https://www.youtube.com/watch?v=8uHnf_1W7D8&list=PLDcT2n8UzsCTkT7Ylgjll5Zxyrj30_lc1
	#MATRIZ DE ABUNDANCIA, MATRIZ DE COMUNIDAD, MATRIZ AMBIENTAL, INDICES DE DIVERSIDAD, MAPA

	library(vegan)
	library(BiodiversityR)
	library(reshape2)
	library(stringr)
	library(sp)
	library(plotGoogleMaps)

José Ramón Martínez Batlle geofis