Chimera version 0.1

gistfile1.txt

def leggi_file(nome_file):
    file = open(nome_file, 'r')
    lineee = file.read()
    file.close()
    return linee

def calcola_percentuali(linee):  
    diz={}
    for line in linee:
        x = line.strip().split(" ")
        key=x[1]
        valore=x[0]
	if key in diz:
	    # se leggo una nuova linea e PCR10_1 e' gia nel dizionario, sommo il valore nuovo a quello nel diz
	    vecchio_valore=diz[key]
	    diz[key]= vecchio_valore + valore
	else:
	    diz[key]=valore
    
    diz_perc={}
    for key in diz.keys():
        prefix_key="_".join(key.split("_")[:-1]) # "PCR10"
        tot=0
        for k in diz.keys():
            # prefix_key=PCR10, k=PCR10_2
            if prefix_key not in k:
                continue
            tot += float(diz[k])
       # print tot    
        val=float(diz[key])
        val_perc=round(val/tot*100, 2)
        diz_perc[key]=val_perc
    return diz_perc


def filtra_valori_nel_diz_minori_del_cutoff(diz_perc, cutoff):
    # qui calcola le frequenza
    diz_cutoff={}
    for x in diz_perc.items():
        chiave = x[0]
        valore = x[1]
        if valore >= cutoff:
            diz_cutoff[chiave]=valore
    return diz_cutoff

def filtra_valori_nel_diz_maggiori_del_cutoff(diz_perc, cutoff):
    # qui calcola le frequenza
    diz_cutoff={}
    for x in diz_perc.items():
        chiave = x[0]
        valore = x[1]
        if valore ,= cutoff:
            diz_cutoff[chiave]=valore
    return diz_cutoff

### PADRE
cutoff_padre=30.00
linee_padre = leggi_file('DNA_11_PADRE_r0.fq_align.counts')
diz_perc_padre = calcola_percentuali(linee_padre)
diz_perc_filtrati_padre = filtra_valori_nel_diz_minori_del_cutoff(diz_perc_padre, cutoff_padre)

### FIGLIO
cutoff_figlio=0.1
linee_figlio = leggi_file('il file del figlio')
diz_perc_figlio = calcola_percentuali(linee_figlio)
diz_perc_filtrati_figlio = filtra_valori_nel_diz_maggiori_del_cutoff(diz_perc_figlio, cutoff_figlio)

### DONATORE
cutoff_donatore=0.1
linee_donatore = leggi_file('DNA_13_r0.fq_align.counts')
diz_perc_donatore = calcola_percentuali(linee_donatore)
diz_perc_filtrati_donatore = filtra_valori_nel_diz_maggiori_del_cutoff(diz_perc_donatore, cutoff_donatore)


### CONTINUA TU :D 

#####PARTE 3: CONFRONTO RIC VS DON 
                               #-->
                               #### CREA UNA LISTA CON APLOT. INFORMAT
Lista_APLO_INFORMATIVO=[]
for x in diz_perc_RIC_frequenti:
	for y in diz_perc_DON_pocofrequenti:
		if x== y:
			Lista_APLO_INFORMATIVO.append(x) 
print Lista_APLO_INFORMATIVO

#####PARTE 4: CALCOLI QUANTIFICAZIONE CHIMERISMO:

#####PARTE 4.1: APRI FILE CHIMERA IDENTIFICA N READS APLO_INFORMATIVI
file_CHIM= open('Sc_I_0.1_r0.fq_align.counts','r')
linee_CHIM=[]
for line in file_CHIM:
	linee_CHIM.append(line)
#print linee_CHIM

diz={}
for line in linee_CHIM:
	x = line.strip().split(" ")
	key=x[1]
	valore=x[0]
	diz[key]=valore
#print diz
diz_perc_CHIM={}
for x in diz.items():
	for y in Lista_APLO_INFORMATIVO:
		if x[0]==y:
			diz_perc_CHIM[x[0]]=x[1]
print diz_perc_CHIM

#####PARTE 4.2 CREA DIZIONARIO INFORMATIVI 
diz_conte_informativi={}

for x in diz_perc_RIC.items():
    for y in diz_perc_CHIM.keys():
        if y==x[0]:
            diz_conte_informativi[y]=x[1]
         #str(x[0])#==str(y)
        #lst_conte_informativi.append(x[0:])
print diz_conte_informativi