JsonConvert.PopulateObject で、 デフォルト値が設定してあるインスタンスのプロパティを JSON から取得した値で上書き

Program.cs

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Drawing;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;
using Newtonsoft.Json;

namespace ConsoleApp {
	class Settings {
		public string FontName { get; set; }
		public int FontSize { get; set; }
		public bool LineNumbers { get; set; }
	}

	class Program {
		static void Main(string[] args) {
			// デフォルト値が設定してある
			var settings = new Settings {
				FontName = "Consolas",
				FontSize = 10,
				LineNumbers = true,
			};

			// FontSize と LineNumbers が指定してある JSON を使って
			var json = @"{ 'FontSize': 12, 'LineNumbers': false }";

			// settings.FontSize と settings.LineNumbers だけを上書きする
			JsonConvert.PopulateObject(json, settings);

			// よし
			Console.WriteLine(settings.FontName);	// Consolas
			Console.WriteLine(settings.FontSize);	// 12
			Console.WriteLine(settings.LineNumbers);	// false
		}
	}
}