これの回答がすべてだった: http://stackoverflow.com/questions/16702420/bigquery-add-columns-to-table-schema
現在のスキーマをダウンロード:
bq --format=prettyjson show yourdataset.yourtable > table.json
-> table.json を編集: fields の中身だけ ([ { "name": "x" ... }, ... ]) 残して全て消す.
{"schema": ...} でも {"fields": [...]} でもなく、本当に [ {"name": "x" ... }, ... ] の部分だけを残す。