Justin C. Bagley, February 12, 2018, Richmond, VA, USA
Below, you will find a series of steps for installing on Linux three of the main software programs used for de novo assembly and SNP calling from RADseq-type next-generation sequencing data (given in no particular order): 1) ipyrad (Eaton 2014; Eaton and Overcast 2016), 2) dDocent (Puritz et al. 2014), and 3) Stacks v2.0beta (Catchen et al. 2013), and their dependencies. We will install all three because, even though a given RADseq paper will inevitably present results based on SNPs gleaned mainly from using one of these programs, Stacks is a dependency of dDocent and it is a good idea to compare results from multiple assemblers to ensure they converge on a similar number of SNPs.
As in my other Gists, "$" in the code below references the Linux prompt, which is not to be typed if following along with me. Within code snippets, lines just below a line starting with the prompt, but that do not start with the prompt, are output to screen and likewise also should not be typed as input. The pound sign comments out the remainder of a line, allowing for comments and notes to be added; some of my instrutions are given this way.
This Gist also assumes that Miniconda 2 or 3 (as appropriate, corresponding to Python 2.7++ or Python 3.5++, respectively) has been installed. See Miniconda download options, info, and install instructions here. All examples were conducted on a Linux supercomputer with CentOS 5 or CentOS 6 nodes.
First check to make sure you have Miniconda installed. The following check should return a variety of information about conda. If not present, it won't work and you'll need to install Miniconda.
$ conda info conda
This may return a gcc library issue, in your starting directory or on compute nodes. To pre-empt this or fix this, do fresh installs of gcc and libgcc:
$ conda install gcc libgcc
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /gpfs_fs/home/jcbagley/miniconda2
added / updated specs:
- gcc
- libgcc
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
gcc-4.8.5 | 7 66.6 MB
certifi-2018.1.18 | py27_0 143 KB
isl-0.12.2 | 0 1.1 MB
mpc-1.0.3 | hec55b23_5 95 KB
mpfr-3.1.5 | h11a74b3_2 444 KB
libgcc-7.2.0 | h69d50b8_2 304 KB
gmp-6.1.2 | h6c8ec71_1 744 KB
cloog-0.18.0 | 0 617 KB
------------------------------------------------------------
Total: 70.0 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
cloog: 0.18.0-0
gcc: 4.8.5-7
gmp: 6.1.2-h6c8ec71_1
isl: 0.12.2-0
libgcc: 7.2.0-h69d50b8_2
mpc: 1.0.3-hec55b23_5
mpfr: 3.1.5-h11a74b3_2
The following packages will be UPDATED:
certifi: 2017.11.5-py27h71e7faf_0 --> 2018.1.18-py27_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
gcc 4.8.5: ######################################################################################################################################################## | 100%
certifi 2018.1.18: ################################################################################################################################################ | 100%
isl 0.12.2: ####################################################################################################################################################### | 100%
mpc 1.0.3: ######################################################################################################################################################## | 100%
mpfr 3.1.5: ####################################################################################################################################################### | 100%
libgcc 7.2.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
gmp 6.1.2: ######################################################################################################################################################## | 100%
cloog 0.18.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Next, check to make sure the gcc version avaialble from the cli has updated to latest version you just installed:
$ gcc --version
gcc (GCC) 4.8.5
Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions. There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
$ conda install -c ipyrad ipyrad ## installs the latest release
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /gpfs_fs/home/jcbagley/miniconda2
added / updated specs:
- ipyrad
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
numpy-1.14.0 | py27h3dfced4_1 4.0 MB
libpng-1.6.34 | hb9fc6fc_0 334 KB
xz-5.2.3 | h55aa19d_2 357 KB
mpich2-1.4.1p1 | 0 2.7 MB
libssh2-1.8.0 | h9cfc8f7_4 243 KB
freetype-2.8 | hab7d2ae_1 804 KB
hdf5-1.10.1 | h9caa474_1 5.3 MB
decorator-4.2.1 | py27_0 15 KB
gstreamer-1.12.4 | hb53b477_0 3.6 MB
testpath-0.3.1 | py27hc38d2c4_0 89 KB
nbconvert-5.3.1 | py27he041f76_0 395 KB
sip-4.18.1 | py27he9ba0ab_2 278 KB
heapdict-1.0.0 | py27_2 8 KB
webencodings-0.5.1 | py27hff10b21_1 19 KB
pyqt-5.6.0 | py27h4b1e83c_5 5.3 MB
mkl-2018.0.1 | h19d6760_4 184.7 MB
cython-0.27.3 | py27hc56b35e_0 2.9 MB
msgpack-python-0.5.1 | py27h6bb024c_0 96 KB
curl-7.58.0 | h84994c4_0 137 KB
dask-core-0.16.1 | py27_0 974 KB
functools32-3.2.3.2 | py27h4ead58f_1 22 KB
fontconfig-2.12.4 | h88586e7_1 282 KB
qtconsole-4.3.1 | py27hc444b0d_0 147 KB
send2trash-1.4.2 | py27_0 14 KB
pyzmq-16.0.3 | py27hc579512_0 411 KB
configparser-3.5.0 | py27h5117587_0 35 KB
markupsafe-1.0 | py27h97b2822_1 24 KB
typing-3.6.2 | py27h66f49e2_0 39 KB
python-dateutil-2.6.1 | py27h4ca5741_1 237 KB
libsodium-1.0.15 | hf101ebd_0 313 KB
notebook-5.4.0 | py27_0 6.6 MB
networkx-2.1 | py27_0 1.8 MB
jupyter_console-5.2.0 | py27hc6bee7e_1 34 KB
ipykernel-4.8.0 | py27_0 143 KB
ptyprocess-0.5.2 | py27h4ccb14c_0 22 KB
funcsigs-1.0.2 | py27h83f16ab_0 20 KB
bokeh-0.12.13 | py27h5233db4_0 4.1 MB
simplegeneric-0.8.1 | py27_2 9 KB
libcurl-7.58.0 | h1ad7b7a_0 485 KB
widgetsnbextension-3.1.0 | py27_0 1.7 MB
cloudpickle-0.5.2 | py27_1 25 KB
sphinx-1.6.6 | py27_0 1.6 MB
psutil-5.4.3 | py27h14c3975_0 294 KB
scandir-1.6 | py27hf7388dc_0 27 KB
pcre-8.41 | hc27e229_1 251 KB
dask-0.16.1 | py27_0 3 KB
ipython_genutils-0.2.0 | py27h89fb69b_0 38 KB
pytz-2017.3 | py27h001bace_0 210 KB
libxcb-1.12 | hcd93eb1_4 446 KB
sphinxcontrib-1.0 | py27h1512b58_1 3 KB
jupyter_client-5.2.2 | py27_0 121 KB
singledispatch-3.4.0.3 | py27h9bcb476_0 15 KB
pandas-0.22.0 | py27hf484d3e_0 10.5 MB
nbformat-4.4.0 | py27hed7f2b2_0 136 KB
scipy-1.0.0 | py27hf5f0f52_0 17.8 MB
babel-2.5.3 | py27_0 4.7 MB
sortedcontainers-1.5.9 | py27_0 45 KB
jpeg-9b | h024ee3a_2 248 KB
backports_abc-0.5 | py27h7b3c97b_0 12 KB
jsonschema-2.6.0 | py27h7ed5aa4_0 61 KB
zict-0.1.3 | py27h12c336c_0 18 KB
gst-plugins-base-1.12.4 | h33fb286_0 4.8 MB
traitlets-4.3.2 | py27hd6ce930_0 126 KB
tornado-4.5.3 | py27_0 595 KB
qt-5.6.2 | h974d657_12 44.5 MB
icu-58.2 | h9c2bf20_1 22.5 MB
jupyter-1.0.0 | py27_4 5 KB
click-6.7 | py27h4225b90_0 103 KB
pygments-2.2.0 | py27h4a8b6f5_0 1.3 MB
zeromq-4.2.2 | hbedb6e5_2 662 KB
pickleshare-0.7.4 | py27h09770e1_0 11 KB
h5py-2.7.1 | py27h2697762_0 1.0 MB
pexpect-4.3.1 | py27_0 70 KB
pyyaml-3.12 | py27h2d70dd7_1 159 KB
cutadapt-1.12 | py27_0 384 KB ipyrad
locket-0.2.0 | py27h73929a2_1 8 KB
mistune-0.8.3 | py27_0 52 KB
backports-1.0 | py27h63c9359_1 3 KB
mpi4py-2.0.0 | py27_2 1.8 MB
wcwidth-0.1.7 | py27h9e3e1ab_0 25 KB
ipywidgets-7.1.1 | py27_0 94 KB
prompt_toolkit-1.0.15 | py27h1b593e1_0 333 KB
pandoc-1.19.2.1 | hea2e7c5_1 17.8 MB
llvmlite-0.21.0 | py27h6dad3f9_0 14.7 MB
bleach-2.1.2 | py27_0 31 KB
ipyrad-0.7.21 | py27_0 19.8 MB ipyrad
expat-2.2.5 | he0dffb1_0 186 KB
ipython-5.4.1 | py27_2 1014 KB
ssl_match_hostname-3.5.0.1 | py27h4ec10b9_2 9 KB
pysam-0.10.0 | py27h0af7445_3 6.4 MB ipyrad
sphinxcontrib-websupport-1.0.1| py27hf906f22_1 35 KB
alabaster-0.7.10 | py27he5a193a_0 14 KB
imagesize-0.7.1 | py27hd17bf80_0 6 KB
distributed-1.20.2 | py27_0 689 KB
entrypoints-0.2.3 | py27h502b47d_2 9 KB
pandocfilters-1.4.2 | py27h428e1e5_1 12 KB
partd-0.3.8 | py27h4e55004_0 30 KB
intel-openmp-2018.0.0 | hc7b2577_8 618 KB
snowballstemmer-1.2.1 | py27h44e2768_0 79 KB
dbus-1.12.2 | hc3f9b76_1 552 KB
ipyparallel-6.0.2 | py27_0 282 KB
xopen-0.1.1 | py27h7afb20c_0 10 KB ipyrad
numba-0.36.2 |np114py27he2868da_0 2.2 MB
jinja2-2.10 | py27h4114e70_0 177 KB
docutils-0.14 | py27hae222c1_0 697 KB
pathlib2-2.3.0 | py27h6e9d198_0 31 KB
glib-2.53.6 | h5d9569c_2 8.4 MB
jupyter_core-4.4.0 | py27h345911c_0 60 KB
terminado-0.8.1 | py27_1 20 KB
tblib-1.3.2 | py27h51fe5ba_0 15 KB
toolz-0.9.0 | py27_0 90 KB
libxml2-2.9.7 | h26e45fe_0 2.0 MB
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0| py27h5bc021e_2 8 KB
libgfortran-ng-7.2.0 | h9f7466a_2 349 KB
html5lib-1.0.1 | py27h5233db4_0 188 KB
------------------------------------------------------------
Total: 419.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
alabaster: 0.7.10-py27he5a193a_0
babel: 2.5.3-py27_0
backports: 1.0-py27h63c9359_1
backports.shutil_get_terminal_size: 1.0.0-py27h5bc021e_2
backports_abc: 0.5-py27h7b3c97b_0
bleach: 2.1.2-py27_0
bokeh: 0.12.13-py27h5233db4_0
click: 6.7-py27h4225b90_0
cloudpickle: 0.5.2-py27_1
configparser: 3.5.0-py27h5117587_0
curl: 7.58.0-h84994c4_0
cutadapt: 1.12-py27_0 ipyrad
cython: 0.27.3-py27hc56b35e_0
dask: 0.16.1-py27_0
dask-core: 0.16.1-py27_0
dbus: 1.12.2-hc3f9b76_1
decorator: 4.2.1-py27_0
distributed: 1.20.2-py27_0
docutils: 0.14-py27hae222c1_0
entrypoints: 0.2.3-py27h502b47d_2
expat: 2.2.5-he0dffb1_0
fontconfig: 2.12.4-h88586e7_1
freetype: 2.8-hab7d2ae_1
funcsigs: 1.0.2-py27h83f16ab_0
functools32: 3.2.3.2-py27h4ead58f_1
glib: 2.53.6-h5d9569c_2
gst-plugins-base: 1.12.4-h33fb286_0
gstreamer: 1.12.4-hb53b477_0
h5py: 2.7.1-py27h2697762_0
hdf5: 1.10.1-h9caa474_1
heapdict: 1.0.0-py27_2
html5lib: 1.0.1-py27h5233db4_0
icu: 58.2-h9c2bf20_1
imagesize: 0.7.1-py27hd17bf80_0
intel-openmp: 2018.0.0-hc7b2577_8
ipykernel: 4.8.0-py27_0
ipyparallel: 6.0.2-py27_0
ipyrad: 0.7.21-py27_0 ipyrad
ipython: 5.4.1-py27_2
ipython_genutils: 0.2.0-py27h89fb69b_0
ipywidgets: 7.1.1-py27_0
jinja2: 2.10-py27h4114e70_0
jpeg: 9b-h024ee3a_2
jsonschema: 2.6.0-py27h7ed5aa4_0
jupyter: 1.0.0-py27_4
jupyter_client: 5.2.2-py27_0
jupyter_console: 5.2.0-py27hc6bee7e_1
jupyter_core: 4.4.0-py27h345911c_0
libcurl: 7.58.0-h1ad7b7a_0
libgfortran-ng: 7.2.0-h9f7466a_2
libpng: 1.6.34-hb9fc6fc_0
libsodium: 1.0.15-hf101ebd_0
libssh2: 1.8.0-h9cfc8f7_4
libxcb: 1.12-hcd93eb1_4
libxml2: 2.9.7-h26e45fe_0
llvmlite: 0.21.0-py27h6dad3f9_0
locket: 0.2.0-py27h73929a2_1
markupsafe: 1.0-py27h97b2822_1
mistune: 0.8.3-py27_0
mkl: 2018.0.1-h19d6760_4
mpi4py: 2.0.0-py27_2
mpich2: 1.4.1p1-0
msgpack-python: 0.5.1-py27h6bb024c_0
nbconvert: 5.3.1-py27he041f76_0
nbformat: 4.4.0-py27hed7f2b2_0
networkx: 2.1-py27_0
notebook: 5.4.0-py27_0
numba: 0.36.2-np114py27he2868da_0
numpy: 1.14.0-py27h3dfced4_1
pandas: 0.22.0-py27hf484d3e_0
pandoc: 1.19.2.1-hea2e7c5_1
pandocfilters: 1.4.2-py27h428e1e5_1
partd: 0.3.8-py27h4e55004_0
pathlib2: 2.3.0-py27h6e9d198_0
pcre: 8.41-hc27e229_1
pexpect: 4.3.1-py27_0
pickleshare: 0.7.4-py27h09770e1_0
prompt_toolkit: 1.0.15-py27h1b593e1_0
psutil: 5.4.3-py27h14c3975_0
ptyprocess: 0.5.2-py27h4ccb14c_0
pygments: 2.2.0-py27h4a8b6f5_0
pyqt: 5.6.0-py27h4b1e83c_5
pysam: 0.10.0-py27h0af7445_3 ipyrad
python-dateutil: 2.6.1-py27h4ca5741_1
pytz: 2017.3-py27h001bace_0
pyyaml: 3.12-py27h2d70dd7_1
pyzmq: 16.0.3-py27hc579512_0
qt: 5.6.2-h974d657_12
qtconsole: 4.3.1-py27hc444b0d_0
scandir: 1.6-py27hf7388dc_0
scipy: 1.0.0-py27hf5f0f52_0
send2trash: 1.4.2-py27_0
simplegeneric: 0.8.1-py27_2
singledispatch: 3.4.0.3-py27h9bcb476_0
sip: 4.18.1-py27he9ba0ab_2
snowballstemmer: 1.2.1-py27h44e2768_0
sortedcontainers: 1.5.9-py27_0
sphinx: 1.6.6-py27_0
sphinxcontrib: 1.0-py27h1512b58_1
sphinxcontrib-websupport: 1.0.1-py27hf906f22_1
ssl_match_hostname: 3.5.0.1-py27h4ec10b9_2
tblib: 1.3.2-py27h51fe5ba_0
terminado: 0.8.1-py27_1
testpath: 0.3.1-py27hc38d2c4_0
toolz: 0.9.0-py27_0
tornado: 4.5.3-py27_0
traitlets: 4.3.2-py27hd6ce930_0
typing: 3.6.2-py27h66f49e2_0
wcwidth: 0.1.7-py27h9e3e1ab_0
webencodings: 0.5.1-py27hff10b21_1
widgetsnbextension: 3.1.0-py27_0
xopen: 0.1.1-py27h7afb20c_0 ipyrad
xz: 5.2.3-h55aa19d_2
zeromq: 4.2.2-hbedb6e5_2
zict: 0.1.3-py27h12c336c_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
numpy 1.14.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
libpng 1.6.34: #################################################################################################################################################### | 100%
xz 5.2.3: ######################################################################################################################################################### | 100%
mpich2 1.4.1p1: ################################################################################################################################################### | 100%
libssh2 1.8.0: #################################################################################################################################################### | 100%
freetype 2.8: ##################################################################################################################################################### | 100%
hdf5 1.10.1: ###################################################################################################################################################### | 100%
decorator 4.2.1: ################################################################################################################################################## | 100%
gstreamer 1.12.4: ################################################################################################################################################# | 100%
testpath 0.3.1: ################################################################################################################################################### | 100%
nbconvert 5.3.1: ################################################################################################################################################## | 100%
sip 4.18.1: ####################################################################################################################################################### | 100%
heapdict 1.0.0: ################################################################################################################################################### | 100%
webencodings 0.5.1: ############################################################################################################################################### | 100%
pyqt 5.6.0: ####################################################################################################################################################### | 100%
mkl 2018.0.1: ##################################################################################################################################################### | 100%
cython 0.27.3: #################################################################################################################################################### | 100%
msgpack-python 0.5.1: ############################################################################################################################################# | 100%
curl 7.58.0: ###################################################################################################################################################### | 100%
dask-core 0.16.1: ################################################################################################################################################# | 100%
functools32 3.2.3.2: ############################################################################################################################################## | 100%
fontconfig 2.12.4: ################################################################################################################################################ | 100%
qtconsole 4.3.1: ################################################################################################################################################## | 100%
send2trash 1.4.2: ################################################################################################################################################# | 100%
pyzmq 16.0.3: ##################################################################################################################################################### | 100%
configparser 3.5.0: ############################################################################################################################################### | 100%
markupsafe 1.0: ################################################################################################################################################### | 100%
typing 3.6.2: ##################################################################################################################################################### | 100%
python-dateutil 2.6.1: ############################################################################################################################################ | 100%
libsodium 1.0.15: ################################################################################################################################################# | 100%
notebook 5.4.0: ################################################################################################################################################### | 100%
networkx 2.1: ##################################################################################################################################################### | 100%
jupyter_console 5.2.0: ############################################################################################################################################ | 100%
ipykernel 4.8.0: ################################################################################################################################################## | 100%
ptyprocess 0.5.2: ################################################################################################################################################# | 100%
funcsigs 1.0.2: ################################################################################################################################################### | 100%
bokeh 0.12.13: #################################################################################################################################################### | 100%
simplegeneric 0.8.1: ############################################################################################################################################## | 100%
libcurl 7.58.0: ################################################################################################################################################### | 100%
widgetsnbextension 3.1.0: ######################################################################################################################################### | 100%
cloudpickle 0.5.2: ################################################################################################################################################ | 100%
sphinx 1.6.6: ##################################################################################################################################################### | 100%
psutil 5.4.3: ##################################################################################################################################################### | 100%
scandir 1.6: ###################################################################################################################################################### | 100%
pcre 8.41: ######################################################################################################################################################## | 100%
dask 0.16.1: ###################################################################################################################################################### | 100%
ipython_genutils 0.2.0: ########################################################################################################################################### | 100%
pytz 2017.3: ###################################################################################################################################################### | 100%
libxcb 1.12: ###################################################################################################################################################### | 100%
sphinxcontrib 1.0: ################################################################################################################################################ | 100%
jupyter_client 5.2.2: ############################################################################################################################################# | 100%
singledispatch 3.4.0.3: ########################################################################################################################################### | 100%
pandas 0.22.0: #################################################################################################################################################### | 100%
nbformat 4.4.0: ################################################################################################################################################### | 100%
scipy 1.0.0: ###################################################################################################################################################### | 100%
babel 2.5.3: ###################################################################################################################################################### | 100%
sortedcontainers 1.5.9: ########################################################################################################################################### | 100%
jpeg 9b: ########################################################################################################################################################## | 100%
backports_abc 0.5: ################################################################################################################################################ | 100%
jsonschema 2.6.0: ################################################################################################################################################# | 100%
zict 0.1.3: ####################################################################################################################################################### | 100%
gst-plugins-base 1.12.4: ########################################################################################################################################## | 100%
traitlets 4.3.2: ################################################################################################################################################## | 100%
tornado 4.5.3: #################################################################################################################################################### | 100%
qt 5.6.2: ######################################################################################################################################################### | 100%
icu 58.2: ######################################################################################################################################################### | 100%
jupyter 1.0.0: #################################################################################################################################################### | 100%
click 6.7: ######################################################################################################################################################## | 100%
pygments 2.2.0: ################################################################################################################################################### | 100%
zeromq 4.2.2: ##################################################################################################################################################### | 100%
pickleshare 0.7.4: ################################################################################################################################################ | 100%
h5py 2.7.1: ####################################################################################################################################################### | 100%
pexpect 4.3.1: #################################################################################################################################################### | 100%
pyyaml 3.12: ###################################################################################################################################################### | 100%
cutadapt 1.12: #################################################################################################################################################### | 100%
locket 0.2.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
mistune 0.8.3: #################################################################################################################################################### | 100%
backports 1.0: #################################################################################################################################################### | 100%
mpi4py 2.0.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
wcwidth 0.1.7: #################################################################################################################################################### | 100%
ipywidgets 7.1.1: ################################################################################################################################################# | 100%
prompt_toolkit 1.0.15: ############################################################################################################################################ | 100%
pandoc 1.19.2.1: ################################################################################################################################################## | 100%
llvmlite 0.21.0: ################################################################################################################################################## | 100%
bleach 2.1.2: ##################################################################################################################################################### | 100%
ipyrad 0.7.21: #################################################################################################################################################### | 100%
expat 2.2.5: ###################################################################################################################################################### | 100%
ipython 5.4.1: #################################################################################################################################################### | 100%
ssl_match_hostname 3.5.0.1: ####################################################################################################################################### | 100%
pysam 0.10.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
sphinxcontrib-websupport 1.0.1: ################################################################################################################################### | 100%
alabaster 0.7.10: ################################################################################################################################################# | 100%
imagesize 0.7.1: ################################################################################################################################################## | 100%
distributed 1.20.2: ############################################################################################################################################### | 100%
entrypoints 0.2.3: ################################################################################################################################################ | 100%
pandocfilters 1.4.2: ############################################################################################################################################## | 100%
partd 0.3.8: ###################################################################################################################################################### | 100%
intel-openmp 2018.0.0: ############################################################################################################################################ | 100%
snowballstemmer 1.2.1: ############################################################################################################################################ | 100%
dbus 1.12.2: ###################################################################################################################################################### | 100%
ipyparallel 6.0.2: ################################################################################################################################################ | 100%
xopen 0.1.1: ###################################################################################################################################################### | 100%
numba 0.36.2: ##################################################################################################################################################### | 100%
jinja2 2.10: ###################################################################################################################################################### | 100%
docutils 0.14: #################################################################################################################################################### | 100%
pathlib2 2.3.0: ################################################################################################################################################### | 100%
glib 2.53.6: ###################################################################################################################################################### | 100%
jupyter_core 4.4.0: ############################################################################################################################################### | 100%
terminado 0.8.1: ################################################################################################################################################## | 100%
tblib 1.3.2: ###################################################################################################################################################### | 100%
toolz 0.9.0: ###################################################################################################################################################### | 100%
libxml2 2.9.7: #################################################################################################################################################### | 100%
backports.shutil_get_terminal_size 1.0.0: ######################################################################################################################### | 100%
libgfortran-ng 7.2.0: ############################################################################################################################################# | 100%
html5lib 1.0.1: ################################################################################################################################################### | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
$ conda config --add channels r
$ conda config --add channels defaults
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda create -n ddocent_env ddocent
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /gpfs_fs/home/jcbagley/miniconda2/envs/ddocent_env
added / updated specs:
- ddocent
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
ncurses-5.9 | 10 1.1 MB conda-forge
samtools-1.7 | 0 1.0 MB bioconda
perl-threaded-5.22.0 | pl5.22.0_12 2 KB bioconda
libiconv-1.15 | 0 2.0 MB conda-forge
velvet-1.2.10 | 1 233 KB bioconda
perl-5.22.0.1 | 0 15.1 MB conda-forge
system-5.8 | 2 170 KB
gnuplot-4.6.0 | 1 1.8 MB bioconda
libxml2-2.9.5 | 0 5.0 MB conda-forge
bzip2-1.0.6 | 1 310 KB conda-forge
bwa-0.7.17 | pl5.22.0_1 501 KB bioconda
icu-58.2 | 0 22.7 MB conda-forge
cmake-3.9.3 | 0 10.6 MB conda-forge
libssh2-1.8.0 | 1 239 KB conda-forge
stacks-2.0Beta8 | pl5.22.0_0 5.2 MB bioconda
openjdk-8.0.121 | 1 64.2 MB
clangdev-5.0.0 | default_0 82.9 MB conda-forge
rainbow-2.0.4 | 0 38 KB bioconda
xz-5.2.3 | 0 854 KB conda-forge
cd-hit-4.6.8 | 0 221 KB bioconda
readline-7.0 | 0 838 KB conda-forge
gmp-6.1.2 | 0 670 KB conda-forge
mpfr-3.1.5 | 0 406 KB conda-forge
bamtools-2.4.1 | 0 736 KB bioconda
trimmomatic-0.36 | 5 134 KB bioconda
parallel-20170422 | pl5.22.0_0 1.2 MB bioconda
pear-0.9.6 | 2 127 KB bioconda
gawk-4.1.3 | 1 1.1 MB bioconda
llvmdev-5.0.0 | default_0 122.6 MB conda-forge
openssl-1.0.2n | 0 3.5 MB conda-forge
zlib-1.2.8 | 3 87 KB conda-forge
bedtools-2.26.0 | 0 739 KB bioconda
perl-vcftools-vcf-0.953 | 3 26 KB bioconda
ddocent-2.2.25 | 0 127 KB bioconda
mawk-1.3.4 | 0 206 KB bioconda
krb5-1.14.2 | 0 4.0 MB conda-forge
ca-certificates-2017.11.5 | 0 145 KB conda-forge
unzip-6.0 | 0 81 KB conda-forge
expat-2.2.5 | 0 434 KB conda-forge
libuv-1.11.0 | 0 550 KB conda-forge
curl-7.54.1 | 0 617 KB conda-forge
vcflib-1.0.0_rc1 | 0 58.7 MB bioconda
vcftools-0.1.14 | 5 3.5 MB bioconda
seqtk-1.2 | 0 74 KB bioconda
openmp-5.0.0 | 0 324 KB conda-forge
rhash-1.3.4 | 0 170 KB conda-forge
freebayes-1.0.2 | 0 5.6 MB bioconda
------------------------------------------------------------
Total: 420.7 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
bamtools: 2.4.1-0 bioconda
bedtools: 2.26.0-0 bioconda
bwa: 0.7.17-pl5.22.0_1 bioconda
bzip2: 1.0.6-1 conda-forge
ca-certificates: 2017.11.5-0 conda-forge
cd-hit: 4.6.8-0 bioconda
clangdev: 5.0.0-default_0 conda-forge
cmake: 3.9.3-0 conda-forge
curl: 7.54.1-0 conda-forge
ddocent: 2.2.25-0 bioconda
expat: 2.2.5-0 conda-forge
freebayes: 1.0.2-0 bioconda
gawk: 4.1.3-1 bioconda
gmp: 6.1.2-0 conda-forge
gnuplot: 4.6.0-1 bioconda
icu: 58.2-0 conda-forge
krb5: 1.14.2-0 conda-forge
libgcc: 7.2.0-h69d50b8_2
libgcc-ng: 7.2.0-h7cc24e2_2
libiconv: 1.15-0 conda-forge
libssh2: 1.8.0-1 conda-forge
libstdcxx-ng: 7.2.0-h7a57d05_2
libuv: 1.11.0-0 conda-forge
libxml2: 2.9.5-0 conda-forge
llvmdev: 5.0.0-default_0 conda-forge
mawk: 1.3.4-0 bioconda
mpfr: 3.1.5-0 conda-forge
ncurses: 5.9-10 conda-forge
openjdk: 8.0.121-1
openmp: 5.0.0-0 conda-forge
openssl: 1.0.2n-0 conda-forge
parallel: 20170422-pl5.22.0_0 bioconda
pear: 0.9.6-2 bioconda
perl: 5.22.0.1-0 conda-forge
perl-threaded: 5.22.0-pl5.22.0_12 bioconda
perl-vcftools-vcf: 0.953-3 bioconda
rainbow: 2.0.4-0 bioconda
readline: 7.0-0 conda-forge
rhash: 1.3.4-0 conda-forge
samtools: 1.7-0 bioconda
seqtk: 1.2-0 bioconda
stacks: 2.0Beta8-pl5.22.0_0 bioconda
system: 5.8-2
trimmomatic: 0.36-5 bioconda
unzip: 6.0-0 conda-forge
vcflib: 1.0.0_rc1-0 bioconda
vcftools: 0.1.14-5 bioconda
velvet: 1.2.10-1 bioconda
xz: 5.2.3-0 conda-forge
zlib: 1.2.8-3 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
ncurses 5.9: ###################################################################################################################################################### | 100%
samtools 1.7: ##################################################################################################################################################### | 100%
perl-threaded 5.22.0: ############################################################################################################################################# | 100%
libiconv 1.15: #################################################################################################################################################### | 100%
velvet 1.2.10: #################################################################################################################################################### | 100%
perl 5.22.0.1: #################################################################################################################################################### | 100%
system 5.8: ####################################################################################################################################################### | 100%
gnuplot 4.6.0: #################################################################################################################################################### | 100%
libxml2 2.9.5: #################################################################################################################################################### | 100%
bzip2 1.0.6: ###################################################################################################################################################### | 100%
bwa 0.7.17: ####################################################################################################################################################### | 100%
icu 58.2: ######################################################################################################################################################### | 100%
cmake 3.9.3: ###################################################################################################################################################### | 100%
libssh2 1.8.0: #################################################################################################################################################### | 100%
stacks 2.0Beta8: ################################################################################################################################################## | 100%
openjdk 8.0.121: ################################################################################################################################################## | 100%
clangdev 5.0.0: ################################################################################################################################################### | 100%
rainbow 2.0.4: #################################################################################################################################################### | 100%
xz 5.2.3: ######################################################################################################################################################### | 100%
cd-hit 4.6.8: ##################################################################################################################################################### | 100%
readline 7.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
gmp 6.1.2: ######################################################################################################################################################## | 100%
mpfr 3.1.5: ####################################################################################################################################################### | 100%
bamtools 2.4.1: ################################################################################################################################################### | 100%
trimmomatic 0.36: ################################################################################################################################################# | 100%
parallel 20170422: ################################################################################################################################################ | 100%
pear 0.9.6: ####################################################################################################################################################### | 100%
gawk 4.1.3: ####################################################################################################################################################### | 100%
llvmdev 5.0.0: ############################################################################################################9 | 74% llvmdev 5.0.0: #################################################################################################################################################### | 100%
openssl 1.0.2n: ################################################################################################################################################### | 100%
zlib 1.2.8: ####################################################################################################################################################### | 100%
bedtools 2.26.0: ################################################################################################################################################## | 100%
perl-vcftools-vcf 0.953: ########################################################################################################################################## | 100%
ddocent 2.2.25: ################################################################################################################################################### | 100%
mawk 1.3.4: ####################################################################################################################################################### | 100%
krb5 1.14.2: ###################################################################################################################################################### | 100%
ca-certificates 2017.11.5: ######################################################################################################################################## | 100%
unzip 6.0: ######################################################################################################################################################## | 100%
expat 2.2.5: ###################################################################################################################################################### | 100%
libuv 1.11.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
curl 7.54.1: ###################################################################################################################################################### | 100%
vcflib 1.0.0_rc1: ################################################################################################################################################# | 100%
vcftools 0.1.14: ################################################################################################################################################## | 100%
seqtk 1.2: ######################################################################################################################################################## | 100%
openmp 5.0.0: ##################################################################################################################################################### | 100%
rhash 1.3.4: ###################################################################################################################################################### | 100%
freebayes 1.0.2: ################################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use:
# > source activate ddocent_env
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#
$ conda create -n stacks_env stacks
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /gpfs_fs/home/jcbagley/miniconda2/envs/stacks_env
added / updated specs:
- stacks
The following NEW packages will be INSTALLED:
clangdev: 5.0.0-default_0 conda-forge
icu: 58.2-0 conda-forge
libgcc: 7.2.0-h69d50b8_2
libgcc-ng: 7.2.0-h7cc24e2_2
libiconv: 1.15-0 conda-forge
libstdcxx-ng: 7.2.0-h7a57d05_2
libxml2: 2.9.5-0 conda-forge
llvmdev: 5.0.0-default_0 conda-forge
openmp: 5.0.0-0 conda-forge
perl: 5.22.0.1-0 conda-forge
stacks: 2.0Beta8-pl5.22.0_0 bioconda
system: 5.8-2
velvet: 1.2.10-1 bioconda
xz: 5.2.3-0 conda-forge
zlib: 1.2.8-3 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use:
# > source activate stacks_env
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#
- Catchen J, Hohenlohe PA, Bassham S, Amores A, Cresko WA (2013) Stacks: an analysis tool set for population genomics. Molecular ecology, 22(11), 3124-3140.
- Eaton DA (2014) PyRAD: assembly of de novo RADseq loci for phylogenetic analyses. Bioinformatics, 30, 1844-1849.
- Eaton DAR, Overcast I (2016) ipyrad: interactive assembly and analysis of RADseq data sets. Available at: http://ipyrad.readthedocs.io/.
- Puritz JB, Hollenbeck CM, Gold JR (2014) dDocent: a RADseq, variant-calling pipeline designed for population genomics of non-model organisms. PeerJ, 2, e431.