scan0

makinglist.py

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on 2016/02/05

@author: jyoshida-sci
"""

import scan0
import numpy as np


scan0filenmame = "em55-12_good.scan0"
#scan0filenmame = "em064-12_good.scan0"

scanresults = scan0.ReadScan0(scan0filenmame)

fout = open(scan0filenmame + '_selected.txt', 'w')

count = 0
for i, sr in enumerate(scanresults):

    if sr['header']['LastPlate']==12 and sr['header']['LastLayer']==3:
        continue

    if sr['header']['LastPlate']<3:
        continue

    if 'Int' in sr['layers'][-1]['str']:
#    if sr['layers'][-1]['str'].find(’Int’)  > -1:　　# same condition
#    if sr['layers'][-1]['str'].count('Int') > 0:　　　# same condition
        continue

    l_dxdz = sr['layers'][1]['l_dxdz']
    l_dydz = sr['layers'][1]['l_dydz']
    tantheta = np.sqrt(l_dxdz**2 + l_dydz**2)

    mystr = "{0}  {1}   ".format(count ,i)
    mystr += "{0}-{1}   ".format(sr['header']['trackid'], sr['layers'][0]['Candidate'])
    mystr += "{0:.3f}".format(tantheta)    
    mystr += "\n"
    mystr +=  "  " + sr['layers'][1]['str']
    mystr +=  "  " + sr['layers'][-1]['str']
    mystr += "\n"
    mystr +=  "starttime:\n"
    mystr +=  "OK: through / rho-stop / sigma-stop / decay / beamint\n"
    mystr +=  "NG: gridmark-bad / patternmatch-bad / surfdetect-bad\n"
    mystr +=  "    scattering\n"
    mystr +=  "    haze / poor-grain\n"
    mystr +=  "    compton / another-track\n"
    mystr +=  "endtime:\n"
    mystr +=  " _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _  _\n"


    fout.write(mystr)
    
    count +=1

fout.close()

pred.py

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on 2016/06/22

@author: jyoshida-sci
"""

import re
    
def ReadPred(filename):
    
    predictions = []
    
    for line in open(filename, 'r'):
    
        if line[0]=="#":
            continue
        
        itemList = re.split("\s+", line.strip())        
        
        prediction = {}
        prediction['str'] = line      
        prediction['track'] =  int(itemList[0])
        prediction['sub'] =  int(itemList[1])#トラックの候補が複数あるときのための番号。 
        prediction['run'] =  int(itemList[2])
        prediction['spill'] =  int(itemList[3])
        prediction['event'] =  int(itemList[4])
        prediction['Kmom'] =  float(itemList[5])
        prediction['MissMass'] =  float(itemList[6])
        prediction['MissMom'] =  float(itemList[7])
        prediction['Missdxdz'] =  float(itemList[8])
        prediction['Missdydz'] =  float(itemList[9])
        prediction['Lcand'] =  int(itemList[10])
        prediction['Lbr'] =  int(itemList[11])
        prediction['Rcand'] =  int(itemList[12])
        prediction['Rbr'] =  int(itemList[13])
        prediction['x'] =  float(itemList[14])
        prediction['dxdz'] =  float(itemList[15])
        prediction['y'] =  float(itemList[16])
        prediction['dydz'] =  float(itemList[17])
        prediction['infoflag'] =  int(itemList[18])
        prediction['flag'] =  int(itemList[19])#ムーバーのガタ補正の必要の有無を示す。 flag = 0 の時はガタの補正が必要。       
        predictions.append(prediction)                  

    return predictions


'''
トラックの付加情報を示す。 
*	1の位 : Ξ-が崩壊している可能性が大きい。 
*	10の位 : エマルション中で生成して、バンドルの方向に飛び出したと思われる。 
*	100の位 : エマルションをつき抜けている可能性が大きい。 
*	1000の位 : ストップしている可能性が大きい。 
'''





if __name__ == '__main__':
    
    
    predfilenmame = "em64all.pred"
    #scan0filenmame = "em064-12_good.scan0"

    predictions = ReadPred(predfilenmame)
    

    
    assert(1==1)
#    assert(1==5)#error OK

    assert(predictions[0]['track'] == 1)
    assert(predictions[0]['infoflag'] == 1001)
    assert(predictions[0]['flag'] == 1)
    assert(predictions[0]['Rbr'] == 25155)

    
    assert(predictions[262]['track'] == 182)
    assert(predictions[262]['infoflag'] == 100)
    assert(predictions[262]['flag'] == 1)
    assert(predictions[262]['Rbr'] == 18093)
    
    

scan0.py

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on 2016/02/05

@author: jyoshida-sci
"""

import re
    
def ReadScan0(filename):
    
    scanresults = []
    scanresult = {}
    layers = []
    
    for line in open(filename, 'r'):
    
        if line[0]=="#":
            continue
        
        itemList = re.split("\s+", line.strip())
    
        if itemList[0] == "a":
    
            scanresult = {}        
            header = {}
            layers = []

            header['str'] = line            
            header['LastPlate'] =  int(itemList[1])
            header['LastLayer'] =  int(itemList[2])
            header['track'] =  int(itemList[3])
            header['sub'] =  int(itemList[4])#トラックの候補が複数あるときのための番号。 
            header['run'] =  int(itemList[5])
            header['spill'] =  int(itemList[6])
            header['event'] =  int(itemList[7])
            header['Kmom'] =  float(itemList[8])
            header['MissMass'] =  float(itemList[9])
            header['MissMom'] =  float(itemList[10])
            header['Lcand'] =  int(itemList[11])
            header['Lbr'] =  int(itemList[12])
            header['Rcand'] =  int(itemList[13])
            header['Rbr'] =  int(itemList[14])
            header['x'] =  float(itemList[15])
            header['dxdz'] =  float(itemList[16])
            header['y'] =  float(itemList[17])
            header['dydz'] =  float(itemList[18])
            header['infoflag'] =  int(itemList[19])
            header['flag'] =  int(itemList[20])#ムーバーのガタ補正の必要の有無を示す。 flag = 0 の時はガタの補正が必要。
            header['trackid'] = int(itemList[3]) * 100 + int(itemList[4])
            
            scanresult['header'] = header
            
            continue
        
    
        if itemList[0] == "s":
    
            summary = {}
            
            summary['str'] = line
            summary['category'] = int(itemList[1]) #バーテックスの種類
            summary['boldness'] = int(itemList[2])#トラックの太さ (0:thin、1:gray、2:black、3:thick)
            summary['ntrack'] = int(itemList[3])#放出 fine track の数
            summary['nbold'] = int(itemList[4])#放出 bold track の数
            summary['pi_dx'] = float(itemList[5])#崩壊トラック用。放出πの方向 (dx, dy, dz)
            summary['pi_dy'] = float(itemList[6])
            summary['pi_dz'] = float(itemList[7])
            
            scanresult['summary'] = summary
            scanresult['layers'] = layers
    
            scanresults.append(scanresult)
            
            continue
    
    
    #normal layer info
    
        layer = {}
    
        layer['str'] = line
        layer['Plate'] = int(itemList[0]) 
        layer['Layer'] = int(itemList[1])
        layer['Candidate'] = int(itemList[2])
        layer['x'] = float(itemList[3])#実験室座標系　mover座標系のことだとおもう。9時方向がx+方向、12時方向がy+方向
        layer['dxdz'] = float(itemList[4])
        layer['y'] = float(itemList[5])
        layer['dydz'] = float(itemList[6])
        layer['l_x'] = float(itemList[7])#ローカル座標系　顕微鏡ステージの座標系のことだとおもう。3時方向がx+方向、12時方向がy+方向
        layer['l_dxdz'] = float(itemList[8])
        layer['l_y'] = float(itemList[9])
        layer['l_dydz'] = float(itemList[10])
        layer['value'] = int(itemList[11])#いまのところ不明　20150205 jyoshida
    
        layer['comment'] = ""
        
        if len(itemList) >= 13:
            layer['comment'] = itemList[12]
        
        layers.append(layer)
    
    
    return scanresults


'''
トラックの付加情報を示す。 
*	1の位 : Ξ-が崩壊している可能性が大きい。 
*	10の位 : エマルション中で生成して、バンドルの方向に飛び出したと思われる。 
*	100の位 : エマルションをつき抜けている可能性が大きい。 
*	1000の位 : ストップしている可能性が大きい。 
'''