Cria um arquivo com 1000 linhas.
with open('arquivo.csv', 'a') as arq:
for x in range(1000):
arq.write("Linha {}\n".format(x))
Cria ums lista com as linhas do arquivo.
linhas_arquivo = open('arquivo.csv', 'r').readlines()
Gera uma nova lista agrupando os items da lista gerada pelo arquivo com 100 linhas cada grupo.
Enumera cada item do grupo e salva um arquivo identificando o novo arquivo pela posição do item no grupo.
for c, n in enumerate(list(zip(*[linhas_arquivo[i::100] for i in range(100)]))):
with open('arquivo{}.csv'.format(c), 'a') as arq:
for x in n:
arq.write(x)