набросок скрипта. после запуска батника который подписывает, осуществляется проверка "есть ли одноименный файл во временной папке и в папке с подписанными файлами", если есть - удаляет файл из временной папки.

SigningPdfLoop.ps1

# define folders being used
$tmpdir = "c:\tmp_pdf"
$inputdir = "c:\in_pdf"
$signeddir = "c:\signed_pdf"
$outdir = "c:\out_pdf"

$x = "C:\sign_policy_cades_cleanCopy.bat"


while ($true)
{
    Write-Verbose -Verbose "Run [$x] at ($(Get-Date))"

    $inputFiles = Get-childitem $inputdir -filter *.pdf
     Move-item $inputFiles.fullname -destination $tmpdir



    # run .bat script without "move" commands here 
    Start-Process $x


    $signedFiles = get-childitem $signeddir -filter *.pdf
    $tmpFiles = get-childitem $tmpdir -filter *.pdf

    # compare existing files in signed dir with files from tmp dir
    ForEach ($file in $signedFiles){
      ForEach ($tmpFile in $tmpFiles){
        If ($tmpFile.Name -eq $file.Name){
          Write-verbose -v "file is signed: $($file.Name)"
          Remove-item $tmpFile.FullName
          Move-item $file.fullname -destination $outdir
        }
      }
    }


    # report
    $unsignedFiles = get-childitem $tmpdir
    If ($unsignedFiles.Count){
      Write-Warning -verbose "Unsigned files count: $(unsignedFiles.Count)"
    } else {
      write-verbose -v "All files have been signed. Ok."
    }

    Start-Sleep -Seconds 120
} #end Loop