Пример чтения подписи из файла

composer.json

{
    "require": {
        "sop/asn1": "^4.1",
        "webmasterskaya/x509": "dev-master"
    },

    "minimum-stability": "dev"
}

Example.php

<?php

use Sop\ASN1\Element;
use Sop\ASN1\Type\Constructed\Sequence;
use Webmasterskaya\X509\Certificate\Certificate;

require_once __DIR__ . './vendor/autoload.php';

$content = file_get_contents(__DIR__ . '/Polozhenie.pdf');

$regexp
    = '#ByteRange\[\s*(\d+) (\d+) (\d+)#'; // subexpressions are used to extract b and c

$result = [];
preg_match_all($regexp, $content, $result);

if (isset($result[2]) && isset($result[3]) && isset($result[2][0])
    && isset($result[3][0])
) {
    $start = $result[2][0];
    $end   = $result[3][0];
    if ($stream = fopen(__DIR__ . '/Polozhenie.pdf', 'rb')) {
        $signature = stream_get_contents(
            $stream, $end - $start - 2, $start + 1
        ); // because we need to exclude < and > from start and end

        fclose($stream);
    }

    if (!empty($signature)) {
        $binary = hex2bin($signature);

        $seq         = Sequence::fromDER($binary);
        $signed_data = $seq->getTagged(0)->asExplicit()->asSequence();
        $ecac        = $signed_data->getTagged(0)->asImplicit(Element::TYPE_SET)
            ->asSet();
        /** @var Sop\ASN1\Type\UnspecifiedType $ecoc */
        $ecoc = $ecac->at($ecac->count() - 1);
        $cert = Certificate::fromASN1($ecoc->asSequence());

        foreach ($cert->tbsCertificate()->subject()->all() as $attr) {
            /** @var Webmasterskaya\X501\ASN1\AttributeTypeAndValue $atv */
            $atv = $attr->getIterator()->current();
            echo $atv->type()->typeName() . ' : ' . $atv->value()->stringValue() . PHP_EOL;
        }
    }
}

Теперь понял!
Они различаются чисто представлением. То что показывает криптопро - 16-битной представление, а то что возвращает класс - простой int
Можно конвертировать!

function dec2hex($number)
{
    $hexvalues = array('0','1','2','3','4','5','6','7',
               '8','9','A','B','C','D','E','F');
    $hexval = '';
     while($number != '0')
     {
        $hexval = $hexvalues[bcmod($number,'16')].$hexval;
        $number = bcdiv($number,'16',0);
    }
    return $hexval;
}

И потом просто сделать

echo dec2hex($cert->tbsCertificate()->serialNumber());

Вернёт 5E110D84305C855577E75FBFC50F92B71AF6ACF6

Класс, потребовалось включить расширение в php "bcmath", но это работает, то что нужно, имеем все необходимые поля.